За всем этим, однако, стояла тайна, о которой не подозревали ни Раппельт, ни Гинек, да, пожалуй, и ни один рядовой сотрудник Дэйтона: проблемой НЛО интересовались и другие, куда более влиятельные инстанции. В 1949 году крупные наблюдения НЛО были сосредоточены вокруг баз в Нью-Мексико, где ведущие ученые, включая Оппенгеймера, Теллера и Вернера фон Брауна, занимались разработками ядерного оружия, ракетной техники и космических полетов. Огни над базами видели многие ученые, в том числе астроном Клайд Томбо, открывший планету Плутон, а затем работавший над системами обнаружения ракет в Лас-Крусис. Было бы нелепо считать простым совпадением столь значительное скопление НЛО в местах проведения самых рискованных научных исследований на планете, а это вселяло подозрение, что за этими контактами стоит разведка — если не земная, то инопланетная.
И хотя сотрудники «Голубой книги» отчасти владели фактической информацией, их далеко обошли участники более поздних исследований. Члены проекта также не подозревали, что ЦРУ и другие разведслужбы живо интересуются проблемой НЛО и принимают в ее изучении самое непосредственное участие. После летней волны 1952 года, во время которой НЛО наблюдали и с земли и с воздуха, а также засекали многочисленные радарные системы, охранявшие воздушное пространство над Вашингтоном, ЦРУ решило, что пора принять меры. В 1953 году оно пригласило в столицу ведущих ученых, чтобы проанализировать имеющиеся свидетельства. Следует отметить, что эти ученые не были психологами или социологами; в их число входили ракетчики, космологи и физики. Этот факт красноречиво свидетельствует о том, что американское правительство верило в существование НЛО, хотя публично заявляло, будто не существует никакой тайны, за исключением принимаемых за НЛО самолетов и звезд.
Раппельт и его коллеги из «Голубой книги» отнеслись к проведению симпозиума как к доказательству того, что правительство наконец вняло их доводам и поверило в необходимость серьезных уфологических исследований, требующих куда больших объемов финансирования. Разумеется, Пентагон осознал этот факт намного раньше, однако не счел нужным сообщить об этом участникам «Голубой книги». Не знали они и о том, что совещания проходили под диктовку ЦРУ. Некоторые встречи носили настолько секретный характер, что сотрудники «Голубой книги» и вовсе не допускались на них. Когда стало очевидно, что, несмотря на всю убедительность представленных доказательств, никаких улучшений не наблюдается, у ученых начали появляться некоторые подозрения. Вскоре от участников «Голубой книги» потребовали ужесточить процедуру анализа и объяснить все без исключения случаи, неважно, поддаются они объяснению или нет. Ученым также приказали сотрудничать только с теми журналистами, которые писали статьи, высмеивающие проблему НЛО. Это окончательно решило судьбу проекта: последовал массовый исход разочарованных ученых. Они вышли из «Голубой книги» и принялись разрабатывать собственные планы, чтобы с помощью книг или кинематографа убедить граждан в своей правоте и лживости заявлений американского правительства.
Тридцать лет спустя всплыла истина, касавшаяся того вашингтонского симпозиума, — истина, которую не положено было знать даже членам проекта «Голубая книга». Она стала известна благодаря документам, опубликованным согласно закону о свободе информации, а также сообщениям одного ученого, решившего, что народ имеет право знать правду об НЛО. ЦРУ сочло, что население слишком серьезно относится к летающим тарелкам, и стало изыскивать способы охладить этот интерес. К числу принятых мер относился и негласный надзор за активистами уфологического движения. Кроме того, стряпались книги, в которых загадочные случаи подавались как получившие объяснение. Дело дошло до того, что было решено явно и тайно нанимать режиссеров из Голливуда, чтобы те снимали мультфильмы и киноленты о пришельцах, превратив их тем самым из предмета для серьезного анализа в элемент индустрии развлечений.