Особенностью реализации федеральных и региональных целевых программ является то, что различные ветви федеральной исполнительной власти и региональные власти плохо представляют, что делает каждая из них. Например, Минздрав РФ фактически не получает никакой информации о программе по борьбе с туберкулезом в уголовно-исправительных учреждениях. За эту часть федеральной программы отвечает МВД РФ. Информация о реализации программ из регионов в центр практически не передается. То же самое происходит и на региональном уровне. Работники органов управления здравоохранения на региональном уровне зачастую не обладают информацией о том, какие мероприятия планируются и фактически осуществляются на местном уровне в рамках реализации целевых программ разного уровня. Собирается и используется очень небольшой объем информации о ходе выполнения программ. При сборе и последующем распространении подобной информации не учитываются все исполнители программы. Мониторинг отсутствует — это справедливо как по отношению к различным уровням осуществления программных мероприятий, так и к финансовым результатам реализации программ в целом и ее отдельных частей.
Недостатком существующих федеральных целевых программ является отсутствие четко сформулированных принципов их формирования, которые раскрывали бы специфичную роль программ федерального уровня в сокращении соответствующих заболеваний. Нет четкого разграничения ответственности центра и регионов в осуществлении действий, направленных на сокращение соответствующих заболеваний. При распределении средств программ между регионами, проводимом Минздравом РФ, ощущается дефицит обмена информацией и координации действий между подразделениями Минздрава, курирующими целевые программы, и департаментами Минфина, курирующими межбюджетные отношения и социальную сферу.
В целевых программах выбор способов достижения поставленных целей опирается в лучшем случае на экспертные суждения
о клинической эффективности. Это, в частности, относится к закупкам медицинского оборудования. Критерии определения перечня закупаемого медицинского оборудования четко не эксплицируются. Не проводится сравнительной оценки экономической эффективности альтернативных вариантов распределения бюджетных ассигнований, и в частности сравнительной экономической эффективности различных медицинских технологий, для реализации которых закупается оборудование.
Значительную часть расходов по программам составляют затраты на приобретение медикаментов. Так, в федеральной целевой программе по борьбе с туберкулезом это 76 % запланированных на 2001 год расходов федерального бюджета на эту программу. Закупаемые Минздравом РФ медикаменты затем распределяются между регионами пропорционально оценкам уровня заболеваемости соответствующими болезнями в регионах. Между тем механизм закупки медикаментов Минздравом РФ обладает серьезными изъянами. Процедуры и итоги проводимых закупок непрозрачны. Регионы все равно не обладают достоверной информацией о количестве лекарств, которые им будут переданы. Неопределенность поставок медикаментов из центра затрудняет бюджетное планирование для самих регионов и снижает эффективность совокупных бюджетных расходов на здравоохранение.
Отсутствует четкое и стабильное разграничение ответственности между Минздравом РФ и субъектами РФ за закупки лекарственных средств разных видов. Закупка лекарственных средств, осуществляемая частично Минздравом РФ, а частично самими регионами без четкого разграничения предметов и границ ответственности, затрудняет планирование лекарственного обеспечения больных соответствующими заболеваниями и снижает эффективность использования совокупных бюджетных ресурсов.
Инвестиционная политика в здравоохранении также характеризуется неэффективным использованием бюджетных средств. Государственные инвестиции в объекты здравоохранения рассредоточены по различным государственным заказчикам и программам, а их политика плохо координируется. Эффективность капиталовложений оценивается формально. В результате объемы федеральных инвестиций в объекты региональных и муниципальных систем здравоохранения не коррелируют с уровнем социально-экономического развития регионов, ресурсной обеспеченностью территориальных систем здравоохранения, уровнем заболеваемости.
Так, в 2000 году регионы с уровнем развития выше среднего получили из федерального бюджета в форме инвестиций в региональные и муниципальные объекты здравоохранения 33,8 млн. руб. (9 регионов), регионы со средним уровнем развития — 128,95 млн. руб. (14 регионов), регионы с уровнем развития ниже среднего — 121,94 млн. руб. (16 регионов), регионы с низким уровнем развития — 119,9 млн. руб. (16 регионов), регионы с крайне низким уровнем развития — 50,4 млн. руб. (12 регионов). Таким образом, отсутствует корреляция между уровнем экономического развития регионов (групп регионов) и размерами инвестиций в соответствующие территориальные системы здравоохранения, осуществляемых из федерального бюджета.