Традиционализм в отношениях с Казанским ханством (ставка на вассальные отношения) контрастирует с последовательной жесткой «модернистской» централизацией власти, проводившейся Василием III. В начале 1510 г. была окончательно упразднена самостоятельность Пскова, вечевой колокол увезен из города, 300 семей местных нотаблей (бояр и купцов) были переселены во внутренние земли Московии, на их место прибыли московские жители. (Подобным образом его отец Иван III в 1478 г. при окончательной ликвидации самостоятельности Новгорода переселил тысячу семей знатных новгородцев, взамен прислал семьи московских служилых людей.) В 1517 г. Василий III вызвал в Москву князя Рязани и арестовал его, а княжество забрал под свою власть. Так же он поступил с удельным Стародубским княжеством на северо-востоке и с недавно отобранным у ВКЛ Новгород-Северским княжеством и их правителями. В очередной войне с ВКЛ был захвачен Смоленск, и вновь Василий III применил тактику насильственного переселения: жителей Смоленщины отправляли на восток, а на их место селили людей из пограничных земель ВКМ. (Вероятно, не вполне доверяя «исконной русскости» населения Смоленска, который стал литовским менее ста лет назад, Василий III прибегал к более практическим способам гомогенизации подданных.) Договор 1522 г. подтвердил передачу Смоленска Москве. Великий князь Московский активно вмешивался в дела православной церкви, своей волей смещал и назначал митрополитов, в результате церковь становилась лояльной опорой и проводником верховной власти. Одновременно совершенствовался и аппарат собственно государственного управления. Назначаемые великим князем еще во времена Ивана III чиновники среднего и младшего ранга — дьяки и подьячие — при Василии III получают постоянный штат, собственную канцелярию и начинают специализироваться по отдельным поручениям, формируя специализированные приказы.
На фоне этой целенаправленной деятельности по централизации власти кажется особенно примечательным, что Василий III, который последовательно усиливал свой суверенитет внутри ВКМ и расширял его на запад за счет Великого княжества Литовского, даже не ставил задачу распространить эту практику на отношения с Казанью. Между тем, признав себя вассалом крымского хана, а с 1524 г. — османского султана, Казанское ханство демонстративно разорвало вассальные отношения с ВКМ и заручилось покровительством наиболее грозного врага Москвы — Крымского ханства. Это означало, что в случае нового масштабного набега из Крыма (с юго-запада) Казань открывала боевые действия в тылу московских войск (с востока, как в 1521 г.), при этом вмешательство самой Москвы в казанскую политику грозило вызвать осложнения с Крымом. К 1530-м гг. прежняя политика косвенного суверенитета над Казанью полностью доказала свою несостоятельность. Казанское ханство с его традициями государственности, уходящими вглубь веков, в булгарский домонгольский период, и обширными политическими амбициями было слишком большим и самостоятельным: его не удалось превратить ни в подобие «внутреннего улуса» — Касимовского ханства, ни в верного вассала. Никаких других способов взаимодействия с инокультурными политическими образованиями Великое княжество Московское прежде не знало. С военной точки зрения завоевание Казани было возможно (что и происходило уже несколько раз), но что еще можно было сделать с завоеванным противником, было не ясно. В отличие от аннексированных территорий ВКЛ, практически безболезненно включавшихся в состав Московии, тут речь шла о мусульманском и языческом населении со своим духовенством и системами управления, которые не сочетались с сословно-конфессиональным социальным пространством ВКМ.