Коллегиально организованные совещательные органы обладали административными, законодательными и судебными функциями. Это были органы власти, помогавшие королю находить решения и служившие для обмена мнениями. Сам Филипп крайне редко принимал участие в заседаниях Советов. Как правило, совещательные органы представляли свои варианты решения письменно в форме рекомендаций. Посредником служил ответственный секретарь, также член Совета. С 80-х гг. XVI в. таких секретарей объединили в хунту, которая превратилась в важнейший орган правления при Филиппе. Отдельные хунты, в состав которых входили представители различных ветвей власти, создавались уже в 60-е гг. для организационного решения сложных вопросов.
Стиль правления Филиппа можно определить как авторитарный и бюрократический. У него были фавориты, служители, которыми он очень дорожил, но никогда не делил с ними не только своей верховной власти, но даже своих правительственных забот. Он сам был своим первым министром и до самой старости хотел все видеть своими собственными глазами. О своих правах, как и о своих обязанностях он имел самое высокое понятие и считал себя главным слугой страны. Королевское звание, говорил он, есть должность, и при том самая важная из всех. Отправляясь в Эскориал из Мадрида, король брал с собой массы деловых бумаг. Из некоторых его писем явствует, что он засиживался за бумагами до глубокой ночи, покидая рабочий стол лишь тогда, когда чувствовал крайнюю усталость и изнурение. Трудолюбие его было невероятно: он подробно рассматривал содержание депеш своих посланников, делая многочисленные пометки на полях. Его секретари посылали ему заранее написанные ответы на все доклады, но он пересматривал содержание этих ответов и своими поправками показывал как свою проницательность, так и глубокое понимание каждого дела. Это достоинство имело и обратную сторону, так как король в своей дотошности часто доходил до неважных мелочей, подолгу вникал в каждый вопрос и постоянно отлагал решение срочных дел.
Добиваясь централизации государственной власти, Филипп II придавал огромное значение религиозной политике. Он обладал правом выдвигать кандидатов на епископство и тем самым мог оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папой. Не считаясь с мнением Святого престола, Филипп II реформировал испанскую структуру епископств, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно – на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании духовенство, объединявшее в своих рядах приблизительно 90 тыс. человек, превратилось в оплот борьбы за «чистоты веры». Испанская Инквизиция с 15 трибуналами превратилась в агрессивное орудие противоборства с протестантизмом. В 1559 г. в Вальядолиде и Севилье были «разоблачены» группы лютеран, которые предстали перед трибуналом Инквизиции и были приговорены к смерти. Сам Филипп принимал участие в их казни в Вальядолиде. В дальнейшем Инквизицию не останавливали имущественное положение, ни епископский сан, ни профессорское звание обвиняемых. Ужесточилась цензура, в первую очередь в отношении ввозимых книг. Испанские богословы сыграли большую в подготовке и проведении Триентского собора 1564 г., давшего толчок Контрреформации. Филипп II всеми силами претворял в жизнь решения собора в своем королевстве. К тому же, мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви к собственной пользе. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
Энергичное выступление Филиппа против Реформации трудно понять вне контекста международной борьбы. Филипп опасался формирования коалиции протестантских государств, а также поддержки с их стороны сепаратистских движений в самой Испании. В годы своего правления Филиппу пришлось столкнуться с восстанием морисков в Гранаде в 1568–1571 гг. и бунтом арагонцев в 1590–1592 гг. Корни этих конфликтов были совершенно различными, однако Филипп подозревал в обоих случаях вмешательство извне – турецкое в Гренаде и французское в Арагоне.