Филиппу II удалось значительно оттеснить высшее испанское дворянство от центров власти, высших органов управления и кортесов. Разумеется, король уважал широкую судебную и общественно-политическую компетенцию порой почти неограниченной власти дворянства, а также церкви и городов. Повседневная жизнь преобладающего большинства почти восьмимиллионного (1590) населения Испании в значительной степени определялась местными и региональными факторами, большинство жителей пребывали в зависимости от местных господ, прежде всего грандов. К концу правления Филиппа II эта группа высшей аристократии, сокращенная Карлом V до 25 семей, благодаря королевским привилегиям выросла. Так, например, Филипп возвысил друзей детства, князей Эболи, ставших позднее дельными советниками, до звания грандов, и тем самым расширил королевскую клиентелу в высшем кастильском дворянстве. Основная же масса благородного сословия – около 10 % всего населения (на порядок больше, чем в других европейских странах) – состояла из среднего дворянства и мелкопоместных идальго. Последние по своему имущественному положению зачастую ничем не отличались от крестьян, что карикатурно изобразил М. Сервантес в «Дон Кихоте».
В течение XVI в. население в Испанском государстве без Португалии возросло при значительных региональных колебаниях приблизительно на 40 % (с 5,2 млн до приблизительно 8,1 млн). В преобладающем большинстве это были крестьяне, ремесленники и рыбаки. К началу столетия в растущих городах, превращающихся в политические, экономические и культурные центры страны, проживало 5 %, а к концу столетия около 20 % населения. Мадрид и Севилья превратились в процветающие центры; первый – благодаря пребыванию в нем двора и центральных органов власти, а вторая – благодаря монополии на торговлю с Америкой. Во времена Филиппа II города представляли собой самые динамичные элементы общественного развития в Испанском королевстве. Здесь открывались новые ремесленные мастерские и мануфактуры по производству шерстяных и шелковых тканей, славившихся своим высоким качеством во всей Европе. Вообще ремесло и мануфактурная промышленность Испании переживали подъем в первой половине XVI в., что объясняется повышением спроса в связи с ростом населения и освоением заморских территорий.
Активная политика Филиппа II истощала финансовые ресурсы. Четырежды – в 1557, 1560, 1575 и 1596 г. – король был вынужден объявлять о неплатежеспособности государства. Финансовые кризисы были особенно драматичными при небывалом росте доходов. Экономика Испании, опиравшаяся главным образом на сельское хозяйство и производство и торговлю шерстью и текстилем, хотя и переживала в результате роста населения в середине XVI в. значительный подъем, но в 80-х гг. попала в затяжной кризис. В этой ситуации большую важность приобретали ресурсы итальянских и нидерландских владений, а также ввозимые из Америки благородные металлы.
В общей сложности ввозимые благородные металлы дали казне примерно 65 млн дукатов, причем в конце правления Филипп получал в год в 12 раз больше, чем в начале. Источником дополнительных нерегулярных доходов являлась также продажа должностей, главным образом на местном уровне, и торговля дворянскими титулами. Регулярный годовой доход возрос приблизительно с 3 млн в 1559 г. до более чем 10 млн дукатов в 1598 г. Налоговое бремя на среднего кастильского налогоплательщика за это время увеличилось примерно на 430 %. Огромные денежные суммы, поглощаемые политикой Филиппа, в основном расходовались за пределами Испании или попадали в карманы иностранных торговцев и банкиров. Попытки добиться средне – и долгосрочного увеличения государственных доходов неоднократно стояли в центре повседневных государственных забот короля и часто воздействовали на внутри – и внешнеполитические решения Филиппа.
По наследству от отца Филипп II получил враждебные отношения с Францией и Римом. Папа Павел IV начал свой понтификат с того, что отлучил Карла и Филиппа от церкви и объявил Филиппа лишенным неаполитанской короны. Филипп принужден был двинуть против папы свою итальянскую армию под командованием герцога Альбы, одного из самых знаменитых военачальников того времени. В сентябре 1557 г. Павел IV капитулировал и подписал с Филиппом мирный договор. В то время как шла война в Италии, в северную Францию вторглась англо-испанская армия под командованием герцога Савойского. В августе был взят Сен-Кантен, под стенами которого потерпел поражение французский коннетабль Монморанси. После этого дорога на Париж была открыта. Но отсутствие денег, ставшее к тому времени хроническим, принудило Филиппа II согласиться на переговоры. Испания, получавшая огромные богатства из колоний, из-за беспрестанных войн своих королей становилась одной из беднейших стран Европы, которой они пытались навязать свою волю. 2 апреля 1559 г. в Като-Комбрези был подписан мирный договор, положивший конец многолетним Итальянским войнам.