Политика Филиппа, проникнутая современными идеями централизации государства, равно как и тяжелым духом католицизма, и касавшаяся управленческой системы и института епископства, ограничивала местные свободы и в первую очередь дворянские привилегии, чем вызвала в 60-х гг. в Нидерландах волнения, провоцируемые поначалу дворянством. В 1566 г. большая депутация фламандских дворян вручила правившей Нидерландами герцогине Маргарите Пармской, сводной сестре Филиппа II, просьбу о смягчении эдикта против еретиков. Когда Филипп, отказался удовлетворить это прошение, в Антверпене и некоторых других городах вспыхнули восстания. В следующем году восстания были подавлены, но Филипп решил пойти на самые крутые меры. Он назначил своим наместником в Нидерландах герцога Альбу, который неумеренной жестокостью довел страну в 1572 г. до нового восстания. В следующем году король сместил Альбу, однако было уже поздно. В 1575 г. Голландия и Зеландия объявили о своем отделении от Испании. Фламандские провинции заключили с ними оборонительный союз. В 1576 г. испанские войска, не получившие из-за острого финансового кризиса в Испании жалованье, взбунтовались и разграбили Антверпен, вследствие чего восстание получило новый импульс и поддержку нидерландских католиков. Несмотря на огромные финансовые и военные затраты, на драконовские меры герцога Альбы и военные успехи присланного в 80-е гг. наместником Алессандро Фарнезе, Филипп не смог долго сдерживать восстание в Нидерландах. В конце концов в 1581 г. с помощью Франции и Англии северные провинции обрели фактическую независимость. Казалось, военному конфликту не будет конца. Только после ожесточенной войны испанцам к 1585 г. удалось вновь овладеть южными католическими провинциями, но Голландия сохранила свободу.
Неудача Филиппа в Нидерландах тесно переплетается с провалами его английской политики и не в последнюю очередь – с войной против Франции 1590 г. Соперничество с Англией, угрожавшей испанской колониальной торговле, осложнялось династическими спорами и религиозной враждой. После смерти английской супруги, Марии Тюдор, Филипп тщетно пытался устроить свой брак с ее сводной сестрой, новой королевой Англии, Елизаветой. После 1559 г. при Елизавете Англия окончательно стала протестантской. В 1570 г. папа Пий V отлучил английскую королеву от церкви. Поэтому Филипп и испанские Советы чувствовали себя обязанными вернуть Англию к старой вере. После поражения в 60-е гг. поддержанного им католического повстанческого движения в Англии и открытых столкновений между Испанией и Англией в последующие годы за океаном и в Нидерландах, Филипп решился на вторжение на остров. Папа Сикст V особой буллой призвал католиков к крестовому походу, к священной войне с Англией и ее «королевой-еретичкой» – Елизаветой. Испания стала готовить вторжение, был снаряжен большой флот – «Непобедимая армада» – основу которого составили 130 тяжелых кораблей, имевшие на борту 19 тыс. отборных солдат и более 2 тыс. орудий. Армада должна была пройти в Дюнкерк, взять там на борт испанские войска, находившиеся в Нидерландах, и затем высадить десант в устье Темзы, недалеко от Лондона. Испанцы рассчитывали, что их вторжение будет поддержано восстанием английских католиков.
Английская королева имела тогда не более 30 кораблей, к которым присоединилось полторы сотни частных судов. К счастью для Англии, страна уже обладала тогда достаточным количеством хороших моряков. К тому же бури и противные ветры сделались грозными врагами испанцев. Едва эскадра вышла из Лиссабона (август 1588 г.), над ней разразилась страшная буря, разметавшая корабли в разные стороны. Более 50 кораблей испанцы потеряли возле скалистых Оркадских и Гебридских островов, а также в опасных проливах у берегов Шотландии. В бурном море у бесприютных берегов тяжелые испанские корабли сделались легкой добычей быстрых и маневренных английских судов, имевших превосходство в артиллерии. На западном побережье Ирландии было взято в плен 5 тыс. испанцев. В испанские порты вернулись лишь 10 тыс. человек на 86 кораблях. С гибелью Непобедимой армады берега Испании оказались открыты для английских пиратов. В 1596 г. англичане взяли и разграбили Кадис.
Неудачей закончились и войны Филиппа во Франции. Он потратил огромные средства на поддержку Католической лиги, а после гибели в 1589 г. Генриха III выдвинул в качестве претендентки на французский престол свою дочь Изабеллу. Испанцы начали войну с Генрихом IV, овладели Руаном, Парижем и некоторыми городами в Бретани. Но вскоре как протестанты, так и католики объединились для борьбы с иноземцами. В 1594 г. Генрих взял Париж. В 1598 г. был подписан Вервенский мир, не давший Испании никаких выгод.