Особняком во внешнеполитическом курсе Филиппа II стоит португальская проблема. Тесные отношения с Португалией лежали в основе имперской политики Карла V и Филиппа II. Этому служили оба брака с португальскими принцессами. Но еще в период правления Мануэла I (1495–1521) Португалия превратилась в динамично развивавшуюся, влиятельную в экономическом и политическом отношении страну. Она не имела постоянной армии, но обладала мощным флотом. Португальцам удалось гораздо с большим, чем испанцам, эффектом использовать результаты колониальных захватов. Купеческий капитал в Португалии был гораздо сильнее, чем в Испании, да и дворянство с большей охотой принимало участие в колониальных экспедициях и предприятиях. Мануэл I всецело использовал завершения реконкисты для укрепления позиций королевской власти. При нем фактически складывается основа португальского абсолютизма. Опорой в этом процессе послужили городские советы и мелкое дворянство. В отличие от Испании, Мануэлу I удалось добиться унификации административного устройства страны, кодифицировать законодательство, отменить многие местные привилегии (форалы). Постепенно складывался централизованный чиновничий аппарат, уменьшалось политическое значение кортесов и, напротив, возрастало значение Государственного совета.
При Жоане III (1521–1557) становление португальского абсолютизма продолжилось. В общественной жизни Португалии значительно выросла роль церкви, огромные масштабы приобрела деятельность Святой инквизиции и ордена иезуитов. Однако при Себастьяне I (1557–1578) португальская монархия вступила в длительную полосу кризиса. В стране рос сепаратизм местных дворянских клик. Португальское купечество быстро теряло свои позиции на европейских рынках. Гибель Себастьяна I и переход короны к престарелому кардиналу Энрике, младшему брату Жоана III, лишь усугубила эти проблемы. Португальский престол оказался без наследников. Развязка наступила в 1580 г., когда после смерти кардинала Энрике, в Португалию вторглась большая армия герцога Альбы. Испанцы разгромили противника в битве у Алькантары и захватили Лиссабон. В 1581 г. Филипп приехал в покоренную страну и принял «изъявление покорности» от своих новых подданных.
Объединение двух стран имело характер личной унии. Испанский монарх был провозглашен королем Португалии под именем Филиппа I. Он обещал португальским кортесам охранять самостоятельность Португалии, уважать права и привилегии португальского народа, назначать на государственные должности только португальцев и учредить из них особый совет, который должен был повсюду сопровождать короля и руководить португальскими делами. Колонии немедленно покорились испанскому владычеству, но в самой Португалии долгое время не ослабевала борьба против захватчиков. С тех давних дней у португальцев сохранилась поговорка: «Из Испании не идет ни хорошего ветра, ни хорошего быта» («De Espanha nem bom vento, nem bom casamento»). Испанцы платили португальцам тем же, пренебрежительно называя их «малочисленными и сумасшедшими» («Portugueses pocos у locos»). Все первоначальные обещания Филиппа были нарушены – португальские интересы всегда приносились в жертву испанским, кортесы созывались только один раз (1619 г.), на главные должности постоянно назначались испанцы, овладевшие многими португальскими землями. Недовольство населения вызывала потеря ряда богатых колоний. Колониальное могущество Португалии фактически было сломлено соединенными усилиями голландцев, англичан и французов, завладевших половиной Бразилии, Молуккскими и Азорскими островами, Суматрой.