В 1637 г. в Португалии вспыхнуло восстание, вызванное попытками ввода кастильской системы управления и налогообложения. Репрессии заставили восставших сложить оружие, но уже в 1640 г. недовольством испанским господством вновь прорвалось наружу. Один из лидеров национального движения герцог Браганса был объявлен португальским королем под именем Жоана IV. Но военные действия в Португалии продолжались еще почти 20 лет. Одновременно, в 1640–1652 гг. испанцам пришлось вести упорную борьбу с восставшей Каталонией, население которой было возмущено нарушениями их старинных вольностей. Все эти неудачи привели в 1641 г. к падению Оливареса. Место его занял герцог Монторо, искренне стремившийся к проведению миролюбивой политики. Между тем, итог внешних войн оказался очень неутешительным. По Вестфальскому миру 1648 г., Испания признала независимость Голландии, окончательный мир между двумя государствами был подписан в 1661 г. Война с Францией продолжалась еще 11 лет и закончилась в 1659 г. подписанием Пиренейского мира. Испания лишилась Сердани, Руссильона и графства Артуа. После этих поражений господствующее положение в Европе перешло к Франции.
Последнему испанскому королю из династии Габсбургов Карлу II (1665–1700) досталось весьма тяжелое наследие. Разгромленная на суше и на море, почти полностью лишившаяся армии и флота, Испания оказалась вычеркнутой из числа великих европейских держав. Но устоявшееся представление о том, что «в царствование Карла II разложение и упадок охватили все сферы испанского государства», является не совсем верным. В немалой степени такому заблуждению способствовала картина деградация личности самого Карла II, которая ассоциировалась с состоянием дел в Испании вообще. Король был физически и умственно недоразвит, едва умел читать и писать, до конца жизни оставался похожим на ребенка. Все свободное время он проводил за играми в бирюльки или какие-нибудь детские игры со своими карликами. Неспособный самостоятельно править государством, он был игрушкой в руках своих фаворитов – испанских грандов и иностранных авантюристов. На период его правления приходится наивысший подъем политического влияния церкви. Иезуиты и высшие сановники церкви назначались на важнейшие государственные посты, Инквизиция усилила преследования и террор «вероотступников». В 1680 г. на Главной площади в Мадриде в присутствии короля и всего двора было устроено аутодафе и сожжены около 100 «еретиков». Религиозно-мистический настрой королевского окружения нашел выражение в экзорцизме, который был применен к болезненному королю по совету его духовника. Улучшения здоровья короля за этим не последовало, зато народ наградил его пренебрежительным титулом «el hechizado» («зачарованный»), под которым он и вошел в историю Испании.
Все же стоит отметить, что в правление Карла II были проведены некоторые реформы, которые не сразу дали результаты, но способствовали хозяйственному подъему Испании в XVIII в. Сюда надо отнести денежно-финансовые реформы, которые привели к стабилизации испанской валюты, создание Торговой комиссии, центрального органа управления коммерцией и реформирования мануфактурной и ремесленной промышленности. Главными направлениями реформистской деятельности стали колонизация, развитие шелковой промышленности, поощрение виноделия, усовершенствование цеховой системы и т. д. Для упорядочения сборов налогов была создана (по образцу французской и португальской моделей) система суперинтендантств, налоговое бремя на кастильцев заметно ослабело.
Со смертью Карла II мужская линия испанских Габсбургов пресеклась. Одна из сестер умершего короля Карла II была замужем за французским королем Людовиком XIV, вторая – за наследником австрийского престола Леопольдом I. Вследствие этого судьба Испании стала предметом ожесточенной борьбы австрийской и французской группировок при мадридском дворе. В конце концов победила французская партия, и Карл II завещал престол своему племяннику по французской линии, внуку Людовика XIV, который в 1700 г. короновался под именем Филиппа V (1700–1746).
Переход испанского престола к Бурбонам грозил нарушить хрупкое европейское равновесие сил и вызвал резкое обострение противоречий между Австрийской империей и Францией, которое переросло в общеевропейскую Войну за испанское наследство (1701–1714). Против испанской армии, которую поддерживали присланные Людовиком XIV французские контингенты, действовали австрийские, английские и нидерландские войска, а также силы некоторых других малых европейских государств.