Процесс ускоренного превращения крестьян-общинников в крепостных совпал с началом изменения погодных условий в Европе. На смену благоприятного столетнего климатического периода пришли неурожаи, ранние заморозки, многочисленные болезни сельскохозяйственных культур, особенно участившиеся со второй половины XVI в. Не последнюю роль в распространении барщины сказалась и порча монеты. В польском гроше середины XVI в. насчитывалось едва половина необходимого по номиналу серебра. В 1543 г. свободный переход от одного помещика к другому был окончательно ликвидирован. Варшавская конференция 1573 г. закрепила за помещиком судебную, исполнительную и законодательную юрисдикцию в отношении крестьян.
Аналогичные процессы проходили и на землях Великого княжества Литовского. С 1557 г. на всей территории княжества, включая великокняжеские и частновладельческие земли Белоруссии, проводилась реформа в соответствии с «Уставом на волоки». Целью реформы было создание новых податных наделов – волоков, и унификация в них всех феодальных повинностей. После Люблинской унии закрепощение крестьян ускорилось. Распространение в княжеских владениях польского административного деления на воеводства и поветы, усилили концентрацию земель в руках магнатов и шляхты. Начался процесс обезземеливания и стратификации всего сельского населения на тягловых (лановых, полулановых) крестьян, обладающих земельным наделом и безземельных (каморников, халупников). Только на Волыни за 20 лет (60-80-е годы XVI в.) площадь крестьянской земли сократилась на 50–60 %. Четверть всех крестьянских хозяйств в Киевском воеводстве составляли малоземельные (загродники). К началу XVII в. на Брацлавщине и Надднепровье были ликвидированы слободы (хутора). К концу века количество необходимых дней отработки увеличилось в среднем до 4–5, в украинских землях до 6, а в Галиции вводилась каждодневная барщина. Положения статута 1588 г. юридически оформили крепостную зависимость крестьян восточной части Речи Посполитой.
Распространение барщины привело к значительному бегству крестьян с насиженных мест. Появилось большое число нищих, каморников и гультяев (беглых от барщины в пограничные казачьи районы). Попытки коронных властей захватить земли пограничных поселений вызвали серьезный узел социальных противоречий. Стремясь не допустить развала барщинных хозяйств, вызванных оттоком непосредственных производителей, государство обнародовало целый комплекс постановлений о поимке и наказании беглых крестьян. С 1503 по 1596 г. польский сейм принял 24, а в XVII в. еще 40 таких постановлений.
Восстания против фольварочной системы начались, когда указ о потере свободы и прикреплении к земле был обнародован. В 1543 г. крестьяне, принадлежавшие монастырю Св. Духа деревни Квороджа отказались работать на фольварке раз в неделю и убили управляющего шляхтича Яна Сциборского. В конце столетия прокатилась волна крестьянских выступлений в Мазовии, Нейштадте и Подляшье. Наиболее значительные восстания крестьян вспыхнули в 1631 г. под руководством солтыса С. Лентовского в Малой Польше на территории Ново-таргского старостата, и в 1651 г. в Подгалье. Восстание в Подгалье создало угрозу восстания в Кракове и захвата бывшей столицы королевства. Руководитель восстания мелкий шляхтич Костка Наперский повел своих крестьян к границе с Венгрией, где захватил старинный замок Чорштын. Восставшие надеялись на помощь трансильванского князя Дьёрдя Ракоци и слабостью королевских войск, увязших в войне с Б. Хмельницким. Рассылая по окрестным деревням грамоты, К. Наперский призывал крестьян к физическому уничтожению шляхты. Все эти восстания были подавлены местной шляхтой при участии коронных войск.
Известны крестьянские выступления в Волынском воеводстве (1563, 1582, 1588) и на Волынском Полесье (1567). Казацкая вольница выступила против притязаний магнатов на их земли в 1591–1593 гг. во главе с гетманом Кшистофом Коссинским. К восставшим казакам присоединилось крестьянство Киевского, Подольского и Волынского воеводств. Потребовалась вмешательство польских войск во главе с коронным гетманом К. Острожским, чтобы подавить это восстание. В бою под Черкассами Коссинский был убит. Не успело затихнуть одно восстание, как началось новое. Организатором стал атаман не реестровых казаков Северин Наливайко. (Реестровыми считались части, призываемые под королевские знамена и получающие за это плату.) Военные действия охватили часть белорусских поветов (Могилев, Бобруйск, Слуцк), затем перекинулись на Волынь. Восставшим удалось захватить Брацлав и Винницу. С 1594 по 1596 г. казаки оказывали ожесточенное сопротивление войскам гетмана Станислава Жолкевского, посланного на подавление мятежа. Генеральное сражение произошло в урочище Солоница. Казаки были полностью уничтожены, сам атаман Наливайко был отправлен в Варшаву и публично казнен в 1597 г.