Суровые королевские эдикты против еретиков не уменьшили размах распространения новых учений. Наиболее ярким направлением радикальной реформации в середине – второй половине XVI в. стало движение «Польских братьев» (ариане, анти-тринитарии, т. е. отрицающие триединство). Религиозная община выступала против распространения крепостничества, сословных различий и частной собственности. Идеологи этого крыла Марцин Чехович, Гжегож Павел ратовали за экономическое равенство, общность имущества и необходимость личного труда верующего. В 1568 г. ариане провели синод, где эти требования были выражены в общем документе. Однако реализовать свои взгляды на практике попытались лишь некоторые общины. Напротив, в 1564 г. для борьбы с распространением реформационных учений корона санкционировала допуск радикальных католических организаций на территорию страны. По предложению кардинала Станислава Гозий иезуиты получили государственное признание и право открывать свои коллегии в королевстве. В следующем году король и сейм признали решения Триденсткого собора, что означало переход к политике наступления католической реакции в стране.
После смерти Стефана Батория элекционный сейм возвел на престол Сигизмунда III (1587–1632), сына шведского короля Юхана III. Магнатская верхушка увидела в этом возможность уладить многие разногласия, возникшие в Балтийском вопросе. Не случайно Станислав Радзивилл следующим образом оценил короля: «Он похож на книгу, в которой ничего не написано». В сложившейся династической комбинации творцы конрреформации также увидели возможность превращения Польши в основной форпост католицизма на Востоке. Сложилась, так называемая, испанская дорога: Мадрид – Рим – Краков. При польском дворе появились иезуитские нунции: Германик де Маласпин и Бартоломей Повзинский. Следом за иезуитами в Речь Посполитую направились представители других католических орденов.
После Люблинской унии были предприняты попытки распространить католичество на земли Великого княжества Литовского, населенного преимущественно православными. В 1579 г. был открыт старейший в Восточной Европе университет в Вильно для подготовки бакалавров, лиценциатов и докторов богословия. В Несвиже, Полоцке и других городах открывались новиции – образовательные учреждения низшей ступени. Наступление католицизма встретило серьезное сопротивление со стороны местных жителей. В крупных городах создавались православные братства, ставившие своей задачей защиту православных ценностей и соборности. Как один из вариантов разрешения религиозного кризиса стало создание униатской церкви. Автором теоретического обоснования унии был ректор иезуитской академии в Вильно, выдающийся публицист Петр Скарга. С его подачи епископы Кирилл Луцкий (Терлецкий) и Ипатий Брестский (Поцей) получили одобрение Сигизмунда III на поездку в Рим, где присягнули на верность Папе Римскому. В 1596 г. решениями Брестского собора было положено начало существования униатской церкви. Политическое, по сути, решение конфессионального вопроса, не только не принесло успокоения на восточные земли Речи Посполитой, но способствовало началу собственно религиозного противостояния. Дело в том, что объединение под эгидой Вселенской церкви, привело к усилению католической догматики в ритуальной и обрядовой части, к разрыву с Константинопольской и Московской церквями. Кроме того, начался процесс захвата земельной собственности, принадлежавшей православной церкви и местного православного дворянства. Подобная практика, нарушая ранее достигнутые соглашения (законы 1563 и 1568 гг. об уравнении католической и православной шляхты), способствовала росту анти-католических настроений.
В 1615 г. в Киеве возникло православное церковное братство, объединившее горожан, духовенство и часть украинской мелкопоместной шляхты. В братство вступил со всем войском казацкий гетман П. Конашевич-Сагайдачный. В 1623 г. в Витебске произошло крупное восстание под лозунгами защиты православия. Местного архиепископа-униата Иосифата Кунцевича убили. Папа Урбан VIII потребовал от польских магнатов мести за убийство и призвал к походу против православных.
Натиск католических и униатских священников в конечном итоге способствовал консолидации всего православного люда. Священнослужители, крестьяне и мелкопоместное дворянство стали опорой освободительных войск Б. Хмельницкого.
Превращение Речи Посполитой в оплот реакционного католицизма втянул страну в длительный военный конфликт сначала на два (против Швеции и России), а затем на три фронта. С 1655 г. за политический суверенитет стало бороться герцогство Пруссия. В результате этого конфликта государство потеряло ряд своих территорий, подверглись разорению крестьянские хозяйства, пострадали города и ремесла.