Так совершилось невероятное: разоренное, ограбленное еврейское население, которое имело право предъявить иск к не защитившему его правительству, само было предано суду «губернских комиссий». Судьями были агенты правительства, губернаторы (в том числе и виновные в допущении погромов) и представители христианских сословий по выбору тех же губернаторов. В комиссии допускались, только с правом совещательного голоса, по два представителя еврейского общества, которые здесь играли роль подсудимых, ибо им приходилось выслушивать сплошные обвинения против евреев и постоянно оправдываться. Всего таких комиссий было 16: в 15 губерниях «черты оседлости» (без Царства Польского) и в Харьковской губернии. Комиссиям был дан двухмесячный срок для окончания своих работ и представления результатов министерству. В сентябре и октябре 1881 года повсюду происходили заседания этих «губернских комиссий», призванных судить еврейский народ на основании официального обвинительного акта.
Вот как описывает эти заседания хорошо осведомленный современник в официальном меморандуме: «В каждой комиссии первое заседание открывалось чтением министерского циркуляра от 25 августа. Чтение это везде одинаково производило сильное впечатление в двух направлениях: на членов из крестьянского сословия и на членов из евреев. Первые выносили из слышанного убеждение во враждебном настроении правительства к еврейскому населению и в снисходительном отношении его к виновникам беспорядков, вызванных, по заявлению циркуляра, единственно еврейскою эксплуатацией коренного населения. Впечатление министерского циркуляра на членов из евреев было потрясающее. Они увидели в лице своем трехмиллионное еврейское население посаженным на скамью подсудимых, одну часть населения страны преданною суду другой части. И кто же были эти судьи? Не представители, свободно избранные всеми сословиями населения, а агенты самой администрации, должностные лица, более или менее подчиненные губернатору. Самый же суд был негласный, при отсутствии достаточной защиты обвиняемых или, лучше сказать, наперед осужденных. Положение, принятое председательствовавшими губернаторами, речи преобладавших членов-юдофобов, полные нападок, глумлений и утонченных оскорблений, заставляли еврейских членов переносить мучительную нравственную пытку. Голос их в большом числе комиссий был совершенно подавлен и заглушен. Это заставило еврейских членов прибегнуть к письменной защите интересов своих соплеменников, ко внесению записок и особых мнений. Однако эти записки и протесты редко где удостаивались прочтения в заседаниях».
При таких условиях не было ничего удивительного в том, что комиссии составляли свои «приговоры» в духе обвинительного акта, присланного высшею властью. Чиновники упражнялись в невежественных рассуждениях о «духе иудаизма», Талмуде, кагале, национальной обособленности евреев и предлагали искоренить все это путем полицейских репрессий: уничтожить автономию еврейских общин, закрыть все специальные еврейские училища, подвергать контролю правительства все стороны внутренней жизни евреев. Представители русского мещанства и крестьян, из которых иные недавно еще содействовали или, по крайней мере, сочувствовали погромам, доказывали экономическую «вредность» евреев и требовали для них ограничений в городских и сельских промыслах, а также в праве жительства вне городов. Однако пять губернских комиссий высказывали еретическую для того времени мысль о необходимости предоставить евреям право жительства во всей империи с целью разредить слишком густое еврейское население в «черте оседлости». Одновременно с губернскими комиссиями посылали свои отзывы в Петербург и верховные сатрапы «черты оседлости». Киевский генерал-губернатор Дрентельн, который за допущение погрома в своей резиденции сам подлежал бы уголовному суду, строго осудил весь еврейский народ и требовал репрессивных мер для «ограждения христианского населения от столь надменного племени, религией своею отрицающего сближение с христианами»; нужно противопоставить репрессии «умственному превосходству еврея», которое дает ему перевес в борьбе за существование. Дрентельн предлагал «с целью уменьшения возрастающего еврейского населения способствовать выселению евреев из империи». К концу 1881 года отзывы всех губернских комиссий поступили в министерство внутренних дел, при котором был учрежден «Центральный комитет для рассмотрения еврейского вопроса» (см. дальше, § 16).