Заветною мыслью гонителей было постепенно искоренить в Москве остаток еврейской общины. Рост ее пресекался самыми жестокими мерами. Ремесленники были изгнаны в 1891 г., но оставалось еще купечество, покупавшее право жительства ежегодною уплатою налога в тысячу рублей за каждое свидетельство на звание купца первой гильдии. Крупнейший промышленный центр России, Москва привлекала к себе также массу провинциальных еврейских купцов, приезжавших туда временно по делам. С этими «пришельцами» обращались хуже, чем с подданными неприятельских стран во время войны. На улицах и вокзалах сновали полицейские надзиратели, ловили прохожих с «семитской физиономией» и уводили в полицейский участок для проверки их права жительства; те, у которых документы оказывались не в порядке, немедленно изгонялись. В «Ведомостях московской полиции» объявлялось о назначении наград за поимку бесправных евреев; обер-полицмейстер установил одинаковое вознаграждение за поимку одного еврея и двух грабителей (октябрь 1897 г.). В январе 1899 г. был нанесен новый удар росту еврейского населения Москвы: царским указом запрещалось евреям-купцам даже первой гильдии вновь селиться в Москве без согласия министра внутренних дел и московского генерал-губернатора, причем заранее было уговорено таких разрешений не давать. Тем же указом установлен ряд обидных стеснений для ранее поселившихся купцов (лишение их права выбора представителей в купеческие собрания и т. п.), что потом официально объяснялось стремлением «к возможному освобождению Московской губернии от евреев, уже на законном основании в ней проживающих».
Спокойно и методически проводило свою антиеврейскую политику центральное правительство в Петербурге, видя в ней одну из важнейших задач государственного управления. На страже священного института «черты оседлости» и прочих ограничительных законов стояли такие верные слуги реакции, как Горемыкин (1896-1899), Сипягин (1899-1902) и Плеве (1902-1904). В «черте оседлости» продолжался процесс сдавливания евреев в полосе городов и местечек с преграждением им доступа в деревни. Со времени издания «Временных правил» 1882 года в Петербурге мечтали о постепенном вымирании тех еврейских старожилов деревни, которые в силу этих правил были в ней оставлены, и о том счастливом времени, когда русский крестьянин нигде не увидит рядом с собою еврея. Губернаторы и подчиненные им провинциальные власти изобретали все новые способы выживания еврея из деревни и вообще вне городской полосы. Они запрещали даже временное жительство на сельских станциях железных дорог евреям-хлебопромышленникам, скупающим и экспедирующим зерно из деревень после урожая, чем причиняли вред хлебной торговле. Они часто запрещали еврейским семействам селиться на летнее время для отдыха в лесных окрестностях городов, если данная дача находилась не на городской земле. Тысячи семейств лишались права отдыхать летом на лоне природы, дышать свежим воздухом леса и поля. Закон был беспощаден и к больным: на курорты запретных мест не допускались больные евреи для лечения. Из крымского курорта Ялты изгоняли евреев, находившихся в последних градусах чахотки.
Земным адом для бесправных евреев оставался по-прежнему город Киев, искусственно изъятый из «черты оседлости», в гуще которой он стоял. Сверх привилегированных постоянных жителей сюда допускался временный приезд евреев по делам, но полиция зорко следила, чтобы приезжие не засиживались в городе дольше разрешенного срока. Она периодически устраивала облавы на них, как на бродячих собак. Раз в неделю полиция производила ночью облаву в гостиницах и постоялых дворах, задерживала пойманных «бесправных» и высылала из города на места постоянного жительства, а там их предавали суду за незаконное проживание в Киеве. Ввиду этой тяжелой ночной работы на усиление состава киевской полиции была ассигнована ежегодная сумма в 15 тысяч рублей из сумм еврейского коробочного сбора. Таким образом, евреи должны были сами оплачивать труды полицейских агентов, которые их преследовали: приговоренный к повешению должен был платить за веревку. В Сибири власти изобрели такое правило: еврей-купец или ремесленник, приписанный к одному из сибирских городов, может жить только в этом городе. Так как многие жили не в местах своей случайной приписки, а в других, то началось принудительное переселение: приписанные к Томску евреи, жившие в Иркутске, высылались целыми партиями в Томск, а навстречу им шли партии высланных из Томска, имевших несчастие числиться в метрических книгах Иркутска. Людей перетасовывали как колоду карт, и такая практика не встречала возражений даже со стороны Сената (1897).