Не добившись своей заветной цели — выселения евреев из России при помощи миллионов барона Гирша (§ 20), Победоносцев продолжал вредить им в высших сферах. Когда в 1898 г. в Петербург прибыла делегация от парижского совета Еврейского колонизационного общества и обратилась к правительству с просьбою разрешить обществу устраивать земледельческие колонии для евреев в самой России, Победоносцев ответил, что русские люди не могут принять евреев в свою среду, ибо еврей способнее и образованнее русского и может его вытеснить из хозяйственной жизни. На вопрос, что будет с евреями при системе постоянных преследований, русский инквизитор, как рассказывают, откровенно ответил: одна треть вымрет, одна треть выселится из страны, одна треть бесследно растворится в окружающем населении. Победоносцев и его единомышленники в министерстве настраивали в этом духе царя, который так же мало смыслил в еврейском вопросе, как и в других вопросах внутренней политики. Когда виленский губернатор в своем отчете о состоянии губернии высказал мнение, что для пользы христианского населения следовало бы разрешить евреям переселяться из переполненной Виленской губернии в места вне «черты оседлости», царь под диктовку своего министра написал резолюцию: «Я совсем не разделяю этого взгляда губернатора» (1895). Еврейские общественные деятели в Петербурге знали об этом настроении царя. «Верховная власть, — говорится в секретной еврейской записке того времени, — вследствие систематического представления ей извращенных сведений о евреях, относится к ним крайне неблагосклонно. Нет никакой возможности обратить внимание государя императора на истинное положение дел, и даже те сановники, которые относятся к евреям толерантно и справедливо, боятся замолвить за них слово, чтобы не подвергнуться обвинению в пристрастии».
Дядя царя, великий князь Сергей Александрович, продолжал издеваться над евреями в Москве, где он по-прежнему занимал пост генерал-губернатора. Оставшаяся здесь после жестокого изгнания 1891 года еврейская колония не могла молиться в своей общественной синагоге, закрытой по указу Александра III (§ 20). Когда приближались весенние торжества 1896 года по случаю коронации Николая II в Москве, представители еврейской общины просили генерал-губернатора исходатайствовать разрешение царя на открытие синагоги, «в виде особой милости, дабы московские евреи имели возможность с достойною торжественностью праздновать радостное событие». Великий князь понял этот дипломатический ход и велел объявить просителям через полицмейстера, что их ходатайство является «дерзким нарушением высочайшей воли». В наказание за дерзость» власти еще более стали издеваться над московской общиной. В силу вышеупомянутого указа здание закрытой синагоги подлежало продаже с аукциона, если оно не будет отдано под какое-нибудь благотворительное заведение. Желая предупредить профанацию синагоги и сохранить здание до лучших времен, община переместила туда свое ремесленное училище. Московский генерал-губернатор донес об этой военной хитрости евреев в Петербург, и оттуда в мае 1896 г. получилось распоряжение, чтобы прекратить дальнейший прием учеников и по окончании курса прежними учениками училище закрыть. Тогда община прибегла к другому способу для спасения своей святыни: она перенесла туда свою «Талмуд-тору» — училище-приют для бедных детей и сирот. На это московские Гаманы ответили новой репрессией: в октябре 1897 г. генерал-губернатор велел закрыть это училище-приют, где воспитывалось около ста бедных детей, под предлогом, что они могут учиться в русских начальных школах; при этом общину предупредили, что, если в течение двух месяцев здание синагоги не будет перестроено под больницу или другое благотворительное заведение, оно будет продано с аукциона. Опять началась борьба общины за сохранение своего храма, который враги непременно хотели осквернить. Стали перестраивать здание, стараясь не портить слишком прежний вид его, но назначенная генерал-губернатором комиссия для осмотра переделок нашла, что переделки незначительны и что нужно так перестроить внутренность здания, чтобы оно никогда не могло быть обращено в синагогу. Эта борьба длилась еще восемь лет, до революции 1905 года и убийства Сергея Александровича, когда удалось возвратить жизнь приговоренной к смерти синагоге.