Во второй половине 1945 г. статьи, распространяемые ЕАК за рубежом, всё чаще подвергались критике за "мелкоеврейскую тематику"
и "отсутствие тем, отражающих текущую жизнь Советского Союза". Подобные критические замечания в адрес ЕАК со временем появлялись всё чаще. В партийных органах к Комитету и его руководителям уже накопилось немало серьёзных претензий. 25 декабря 1945 г. М. Шкирятов и заместитель начальника Управления ЦК Е. Андреев направили на имя Г. Маленкова донесение, в котором подчёркивались намерения руководства ЕАК "превратить эту организацию в какой-то Комиссариат по еврейским делам" и говорилось о политической вредности этих намерений. Авторы донесения высказали "глубокое убеждение: Еврейский антифашистский комитет нельзя оставлять в том состоянии, в котором он находится в настоящее время..." Власти, как всегда, испугались даже таких хилых инициатив отдельных комитетчиков, о которых говорилось выше. Принцип, согласно которому "инициатива наказуема", нарушать не дозволялось никому.Летом 1946 г. сотрудники Министерства государственной безопасности изъяли всю комитетскую документацию и доставили её в ЦК ВКП(б) для ревизии. Заместитель начальника отдела внешней политики этого органа А. Панюшкин сразу после изъятия документов ЕАК вызвал к себе С. Михоэлса и И. Фефера и сообщил им, что "есть мнение закрыть ЕАК"
. На что Михоэлс напомнил Панюшкину, "что фашизм ещё не исчез и с ним нужно бороться", поэтому закрытие ЕАК было бы преждевременным. Через некоторое время появилось "мнение", согласно которому Комитет может сгодиться для сохранения полезных контактов с американскими общественными еврейскими организациями, в том числе и с Компартией США, возглавляемой евреем и финансируемой СССР. Так как "новое мнение" принадлежало "лучшему другу еврейского народа", то ЕАК продолжил свою деятельность в составе отдела внешней политики ЦК ВКП(б), возглавляемого ещё "одним лучшим другом" - М. Сусловым.В конце сентября 1946 г. на стол Суслова легла "Справка о деятельности Антифашистского еврейского комитета", подготовленная комиссией ЦК, проверившей Комитет. В "Справке" приводились не только уже упоминавшиеся "ошибки" ЕАК, но и названы новые. Составители "Справки" очень возмущались телеграммой протеста, направленной ЕАК польскому правительству в связи с антиеврейскими выступлениями в Кракове, а также попытками Комитета выступить в роли посредника между еврейскими организациями и советскими властями. Составители "Справки" утверждали также, что ЕАК, вместо того, чтобы бороться с западной, прежде всего сионистской, пропагандой, "продолжает линию буржуазной сионистской пропаганды" и по существу "борется за реакционную идею единой еврейской нации". Ревизоры обвиняли ЕАК в "непомерно большом внимании", уделяемом им "работе на Палестину". Такой вывод делался на том основании, что в Палестину ЕАК было отправлено в полтора раза больше материалов, чем в Англию, и что руководство Комитета выражало сочувствие эмиграции евреев в Палестину и созданию там национального еврейского государства. Заканчивалось обвинение совсем уже не слабо: ЕАК пособничает реакционным американским политикам, "которые путём массового переселения евреев стремятся насадить в Палестине массовую агентуру американского империализма".
Отсюда по умолчанию вытекало, что десятки тысяч евреев, в том числе и советских, среди которых абсолютное большинство прошли гетто и лагеря смерти, и уцелели чудом - агенты американского империализма. Именно такой вывод и нужен был Министерству государственной безопасности, которое уже готовило против руководителей ЕАК "шпионское дело", предварительно направив в ЦК ВКП(б) и Совет министров СССР материал, озаглавленный "О националистических проявлениях некоторых работников Еврейского антифашистского комитета". М. Суслов 19 декабря 1946 г. представил составленную по полученным материалам записку в секретариат, Политбюро ЦК ВКП(б) и Сталину. В этой записке был сделан вывод: "Деятельность Еврейского антифашистского комитета, как на заграницу, так и внутри СССР, приобретает всё более сионистско-националистический характер и поэтому является политически вредной и нетерпимой".