Решение Сталина, о котором говорилось выше, сохранило на время жизнь ЕАК и снизило уровень антиеврейских выпадов. Более того, в феврале-мае 1947 г. деятельность Комитета несколько раз удостоилась похвалы
партийных чиновников. В записке, направленной на имя А. Жданова, Г. Александров подчёркивает, что "написанные в годы Великой Отечественной войны и в послевоенный период произведения советских еврейских писателей в подавляющем большинстве своём проникнуты идеями советского патриотизма и носят патриотический характер". Это высказывание означало отрицание обвинений, содержавшихся в упомянутом выше "творении" Щербакова.Время показало, насколько искренней была записка Александрова: власти в 1946 г. "укрепили" аппарат ЕАК "рядом квалифицированных редакторов-коммунистов". "Забота" властей преследовала далеко идущие цели.
Летом 1947 г. отдел внешней политики и Агитпроп ЦК совместными усилиями пытались "приспособить" ЕАК к использованию связей "с зарубежными еврейскими учёными, общественно-политическими и культурными деятелями для получения от них полезной для советского государства научно-технической и политической информации". Тогда же Комитет пополнился кадрами, имеющими опыт решения такого рода задач. В частности, вскоре должность заместителя секретаря ЕАК занял Г. Хейфец, бывший резидент советской разведки, до этого успешно занимавшийся поиском информации об американском атомном проекте.
О том, как "коренные" члены Комитета восприняли новые задачи, ничего не известно. Но известно, что во второй половине 1947 г. проходили открытое партийное собрание и заседание президиума ЕАК, на которых Фефер и Хейфец, активно сотрудничавшие с органами госбезопасности
, занимаясь самобичеванием, требовали развернуть кампанию, направленную на разоблачение "ренегатов" и "мерзавцев" - еврейских писателей-беженцев, репатриировавшихся в Польшу после войны, а также некоторых членов Комитета, "за национальную ограниченность" и призывали к политической и идеологической бдительности. Тем более что ЕАК и другие инстанции неожиданно для себя стали получать письма, в которых содержались просьбы, а иногда и требования, советских евреев оказать им содействие в выезде в Израиль. Неожиданные проявления советскими евреями национальных чувств напугали, похоже, соответствующие подразделения ЦК ВКП(б) и Министерства госбезопасности. Немедля ими было принято следующее решение: "С целью выявления националистических и враждебных элементов вообще" отдел внешней политики ЦК поручил Хейфецу и Феферу предоставить списки (с адресами и телефонами) всех граждан, когда-либо письменно или устно обращавшихся в ЕАК с выражением поддержки Израилю. Далее на основании этих списков госбезопасность производила аресты "еврейских националистов" и "доказывала" их вину.Одобрительное отношение советских евреев к государству Израиль, выражавшееся эмоционально в письмах и обращениях, по сути ничем не отличалось от официального отношения к этому государству. Но одно дело - отношение власти, а другое - искреннее отношение людей-рабов, страдавших от дискриминации. Раб должен терпеть и молчать.
К 1946 г. власть поняла, что с такими "отношениями" пора кончать. В. Абакумов, новый министр МГБ, умело манипулируя фобиями Сталина, убедил его в существовании сионистско-американского заговора
, ведущими элементами которого являются евреи (в лице ЕАК), и родственники Надежды Аллилуевой - его покойной жены. Абакумов знал, что вождь не чурался устранения не только соратников, но и любых других "нежелательных свидетелей", включая родственников и приближенных. В основу этой версии Абакумов поместил своё предложение о том, что Аллилуевы якобы использовались ЕАК и Михоэлсом для получения интересующей американскую разведку информации о личной жизни вождя. Аресты тех, кому отводилась роль врагов народа, начались в конце 1947 г.