Вторая причина возникновения непримиримых противоречий между православными и католиками, состояла в том, что казаки, вольные поселенцы, в своё время занявшие свободные земли, были превращены в панских подданных. Они хоть и не знали налогового бремени, но они отказывались даже от подчинения юрисдикции помещиков.
И когда недовольство нарастало, они уходили в глубь Украины. Там, за днепровскими порогами, скопилось украинское казачество - опора украинской народной массы, оказавшейся под гнётом поляков-помещиков. Правительство Польши пыталось приручить казаков, превратив их в пограничное охранное войско. Но вначале это ему не удавалось, и польскому правительству приходилось вступать с казаками в вооружённые стычки. Бунты запорожцев вызывали сочувствие украинского крестьянства. Поэтому правительство в 1638 г. закрепостило всех украинских казаков, не записанных в воинские реестры; казацкие поселения были включены в состав имений шляхты, а сами же казаки были прикреплены к земле (закрепощены) и были обязаны отрабатывать барщину и платить дань помещикам. Тогда же и реестровые казаки, не принимавшие участие в восстаниях, также были ограничены в праве самоуправления.Католики-помещики обременяли православных крестьян разнообразными налогами и повинностями, и в этом процессе на долю евреев выпала печальная роль
. Польские помещики широко пользовались услугами евреев, бравших у них на откуп право производства и продажи водки, и вообще принимавших участие в различных отраслях помещичьего хозяйства. Арендатор-еврей, "замещая" помещика, наделялся им определёнными властными полномочиями, необходимыми для организации и управления производственно-хозяйственной деятельностью с целью достижения максимальной выгоды как для арендодателя, так и для себя. Проблема состояла в том, что арендатору приходилось управлять крепостными, во все времена относившимися к выполнению навязанных ему обязательств перед помещиком, мягко говоря, абы как. "Поправлял" крепостного еврей, о котором у крестьянина-христианина уже давно сформировалось далеко не дружелюбное представление. Поэтому, когда в 1648 г. разразилось страшное восстание казаков под предводительством Богдана Хмельницкого, поддержанное крепостными, а также и городским мещанством, евреи и поляки пали жертвой кровавых расправ восставших.Расправа с католиками, евреями и даже с православными, носившими польское платье, сопровождалось нечеловеческими издевательствами. С живых людей сдирали кожу, распиливали пополам, забивали до смерти палками, жарили на кострах, подвешивали на крюках. Не было пощады старикам, женщинам, детям
. От смерти иногда спасало принятие православия, если восставшие это позволяли. Многие города и местечки стали ареной мученической смерти сотен тысяч евреев (и поляков). Элегии и молитвы, составленные раввинами того времени, в потрясающих выражениях сохранили память о той страшной катастрофе.В 1649 г. польское правительство заставило Хмельницкого заключить с государством мир, оформив соглашение Зборовским договором. Согласно этому договору из состава Южной Руси выделилась Казацкая Украина - территория Киевского Черниговского и Брацлавского воеводств. В этих краях евреям было запрещено проживать, а иезуиты должны были уйти со своими школами из всех мест, где были русские школы.
Об отношении казаков к евреям см. повесть Н. Гоголя "Тарас Бульба". Зверства восставших красочно описаны Т. Шевченко в поэме "Гайдамаки" (глава "Гонта в Умани").