В конце 1504 г. состоялся церковный собор, на котором обвинителем выступиИосиф Волоцкий. Всех участников ереси собор предал анафеме, а главных из них приговорил к страшным пыткам и смертной казни
.Отголоски ереси жидовствующих были слышны не только при дворе Ивана IV, но и в более поздние времена. Именно при Иване IV резко усилились антиеврейские настроения. При нем евреям было запрещено въезжать в Россию даже на время. В 1545 г. были сожжены
товары еврейских купцов из Литвы. В 1550 г. польский король Сигизмунд II Август напомнил царю, что его предшественники свободно впускали в страну польских купцов -- и христиан, и евреев, - а теперь евреям въезд запрещен. В ответном письме Иван IV написал, что "жизнь людей от христианства отводили, а отравные зелья в наше государство привозили, и пакости многие нашим людям давали... И ты бы, брат наш, впредь о жидах нам не писал".Ненависть царя к евреям особенно ярко проявилась во время Ливонской войны. Московские войска сжигали
евреев живьем, вешали или топили отказавшихся креститься вместе с детьми. В 1569 г. При занятии московскими войсками Полоцка, Иван Грозный приказал всем городским евреям креститься. Отказавшиеся перейти в православие (около 300 человек) были утоплены в Двине. Принимавших крещение уводили в плен, иногда превращали в крепостных. Сохранился документ от 1576 г., согласно которому владелец деревни Починок, отписывая Троице-Сергиеву монастырю деревню, оговаривал, что люди "жидовского живота", а также угодья остаются в его собственности.В первые годы после смерти Ивана Грозного запрет на въезд евреев в Россию соблюдался не так строго, как при его правлении. Так, в 1584 г. Евреи Свибор и Кадыш посетили Москву в составе литовского посольства. Значительное число евреев появилось в Российском государстве в эпоху Смутного времени (1604-1613 гг.). Евреи были ____ поляков, сопровождающих в Москву Лжедмитрия I (1605-1606 гг.), а также приехавших вовремя его правления. По мнению некоторых историков Лжедмитрий II ("тушинский вор"), был крещенным евреем. Другие историки считают, что эти слухи распространялись сторонниками Романовых, чтобы всячески опорочить Лжедмитрия II и его польских хозяев. Во время польского нашествия в Россию евреи служили в польских войсках и в казацких отрядах, выступавших на стороне поляков. Еще большее число евреев сопровождали польские войска, выступая в роли маркитантов.
После окончания смутного времени польские и литовские купцы получили право торговать в приграничных землях, внутренние города были для них закрыты. Это правило распространялось как на евреев, так и на христиан.
Во время русско-польской войны 1632-1634 гг. многие евреи были увезены в плен русскими войсками. К Полянкозавскому мирному договору с Польшей (1635 г.) был приложен указ царя Михаила Федоровича, в котором предписывалось отпустить из Сибири пленных поляков, изъявивших желание вернуться в Польшу. В указе говорилось, что перешедшие в православие поляки и евреи могут, при желании, остаться в России
. Подчеркивалось, что это касается и не принявших православие. Местным властям было приказано добавить "хлеба и денег" оставшимся. Однако, когда в 1637 г. польский король Владислав IV обратился к Михаилу Федоровичу с просьбой разрешить въезд в Москву королевскому фавориту Аарону Марковичу, царь потребовал, чтобы послан был католик, а не "жидовин, коих никогда в Москве не бывало". Отношение к евреям было хуже, чем другим иностранцам, но в целом не выходило за рамки общей политики притеснения иноземцев.Процесс объединения Украины и России был растянут во времени. Сразу же после того, как царь Алексей Михайлович присоединил Казацкую Украину к своему государству, жители Малороссии были объявлены поданными России. Затем войска московского царя двинулись в Белоруссию и Литву для продолжения войны с Польшей. Эта война (1654-1655 гг.) принесла много бед евреям. Взятие казаками городов сопровождалось издевательствами и изгнанием евреев
из насиженных мест. Так, например, когда город Могилев на Днестре сдался московскому царю, тот велел выселить оттуда евреев, а их дома разделить между магистратами и русскими властями. Евреи не спешили выполнять приказ, надеясь на скорое возвращение поляков. И серьезно поплатились за непослушание. В конце лета 1655 г. начальник гарнизона полковник Поклонский призвал их выйти за черту города, опасаясь их перехода на сторону поляков. Когда его приказ евреями был выполнен, он приказал своим солдатам уничтожить евреев. И этот приказ был выполнен.