В первой половине XX века было предпринято несколько попыток найти среди современников Пушкина не идейные, но прямые биографические прототипы героев МиС. Музыковед И. Р. Эйгес нашел в характере Моцарта черты, сближающие его с композитором М. И. Глинкой, с которым Пушкин был знаком: «те же удивительная беспечность, веселость, охота к шуткам» (Эйгес 1930: 205–207). Оживленную полемику вызвали две статьи беллетриста Ивана Щеглова (псевдоним Ивана Леонтьевича Леонтьева, 1856–1911) «Нескромные догадки» и «Сомнительный друг», напечатанные сначала в приложении к «Торгово-промышленной газете» (1900. № 28. № 40), а затем включенные в сборник его работ о Пушкине (Щеглов 1902: 144–150; 151–175). В них Щеглов попытался доказать, что в Моцарте и Сальери Пушкин изобразил самого себя и Баратынского, который, как утверждал писатель, питал к своему другу тайное недоброжелательство и завидовал его успехам. Основанием для предположения послужили критические отзывы Баратынского о «Евгении Онегине» и «Сказке о царе Салтане…» в письмах к И. В. Киреевскому, а также некоторые другие факты, свидетельствующие об охлаждении его отношения к Пушкину в 1830‐е годы. Гипотеза Щеглова была поддержана В. В. Розановым и В. В. Сиповским (Розанов 1990: 188–191; Сиповский 1907: 343), но категорически отвергнута как клевета В. Я. Брюсовым и почти всеми последующими исследователями вопроса (Брюсов 1900; Брюсов 1901a; Брюсов 1901b; Гофман 1913; Гофман 1926; Мейер 1956; Хетсо 1973: 180–186; Песков 1995: 262–266). Из всех материалов, привлеченных Щегловым, непосредственное отношение к проблематике МиС имеет лишь следующий фрагмент из письма Баратынского к Н. В. Путяте от 29 марта 1825 года: «На Руси много смешного, но я не расположен смеяться. Во мне веселость усилие гордого ума, а не дитя сердца. С самого моего детства я тяготился зависимостью и был угрюм, был несчастлив. В молодости судьба взяла меня в руки. Все это служит пищею гению; но вот беда: я не гений. Для чего же все было так, а не иначе? На этот вопрос захохотали бы все черти» (РА. 1867. № 2. Стлб. 269–270; Щеглов 1902: 160). Д. С. Дарский расслышал в этом горьком признании голос «подлинного Сальери», который «справляет над собою тризну судорожным смехом» (Дарский 1915: 45). А. М. Песков заметил, что слова «я не гений» совпадают с «кульминационной репликой пушкинского Сальери» («…но ужель он прав, / И я не гений»), и сопоставил их с высочайшей оценкой пушкинского дара как гениального в письме Баратынского к Пушкину, написанном в декабре 1825 года: «Чудесный наш язык ко всему способен, я это чувствую, хотя не могу привести в исполнение. Он создан для Пушкина, а Пушкин для него. <…> Иди, довершай начатое, ты, в ком поселился гений!» (Пушкин 1937–1959: XIII, 253). По мнению Пескова, Баратынский мог отрицать собственную гениальность в разговорах с Пушкиным, и потому «отнюдь не исключено, что именно самооценка Баратынского явилась источником реплики Сальери» (Песков 1995: 270).
В статье о МиС М. О. Гершензон мимоходом, в скобках, заметил, что «в Сальери решительно есть черты Катенина» (Гершензон 1919: 113). Эту идею затем развил Ю. Н. Тынянов в классической работе «Пушкин и архаисты», где прослежена вся многолетняя история далеко не безоблачных литературных отношений Пушкина и Катенина. Подробно рассмотрев катенинскую «Старую быль» (1828), в которой Пушкину в иносказательной форме были предъявлены серьезные эстетические и политические претензии, и вызванный ею обмен полемическими стихотворными посланиями между двумя поэтами, где обыгрывались мотивы кубка, напитка и отравы, он предположил, что в МиС Катенин усмотрел «своеобразный ответ» на свои выпады против Пушкина: «…в сопоставлении Сальери и Моцарта, в самой фигуре Сальери ему чудится — arrière pensée» (Тынянов 1969: 84). По мнению Тынянова, об этом свидетельствует комментарий к пушкинской заметке о Сальери («В первое представление Дон Жуана…») П. В. Анненкова, предположившего, что Пушкин написал ее для неких друзей, возражавших против его поклепа на композитора. «К числу их принадлежал, например, П. А. Катенин, — поясняет Анненков. — В записке своей он смотрит на драму Пушкина с чисто юридической стороны. Она производила на него точно такое же впечатление, какое производит красноречивый и искусный адвокат, поддерживающий несправедливое обвинение» (Анненков 1855: 288, примеч. 2; Тынянов 1969: 84).
«Запиской Катенина» Анненков именует воспоминания о Пушкине, написанные по его просьбе в 1852 году. В них Катенин так отозвался о МиС: