Ночь с 21 на 22 июня на Либавской военно-морской базе прошла также неспокойно. В 24 ч 21 июня был получен сигнал «Оперативная готовность № 1». В 0 ч 4 м 22 июня была объявлена боевая тревога.[151]
Около 1 ч ночи командиры боеготовых кораблей через посыльных были вызваны на корабли и в части, экипажи подводных лодок из береговых казарм перешли на корабли. Все ожидали учений местной ПВО. До командиров еще раз довели требование командующего КБФ прекратить все разговоры о войне и усилить боевую подготовку.[152] После того каккомандованию ЛибВМБ стало известно о прорыве немцев через границу, было принято решение об инженерном оборудовании сухопутной обороны Лиепаи. Силами личного состава ВМБ и местного населения было начато возведение фортификационных сооружений. Руководителем работ был назначен начальник участка № 0122-го особого строительного отдела. Было выключено освещение на маяках. Для формирования отрядов выполняющих строительные работы из частей списывался внештатный личный состав: из учебного пункта ПВО — 100 чел., полуэкипажа — 200 чел., береговой базы 1-й бригады подводных лодок — 50–60 чел. Оставшийся личный состав ремонтируемых кораблей был подготовлен как резерв. Началась мобилизация местного транспорта. Оборона военно-морской базы была разбита натри участка: северный, восточный и южный. Начальником северного участка был назначен командир 32-го отдельного местного стрелкового батальона (омсб). В составе участка была одна рота этого батальона (другая несла караульную и комендантскую службу), 23-я береговая батарея и 842-я зенитная батарея. Начальником восточного участка стал начальник ВМУ ПВО. В составе участка был сводный батальон училища (100 чел.), отряд из флотского полуэкипажа (200 чел.), отряд береговой базы подводных лодок, стрелковая рота 56-го сп и батарея 94-го лап. Южный участок возглавил командир 1-го батальона 56-го сп. В его подчинении была одна рота и батарея 94-го лап, 27-я береговая батарея. В качестве резерва 23-я и 27-я береговые батареи выделяли при необходимости по 80-100 чел. Всего с экипажами ремонтируемых кораблей резерв был определен в 800-1000 чел.[153]Началась постановка минного заграждения на подходе к Лиепае. Выполнить его в полном объеме в кратчайшие сроки было невозможно, так как в распоряжении Клевенского имелся только один базовый тральщик «Фугас». За шесть выходов 22 и 23 июня «Фугас» поставил в 10 милях кзападу отЛиепаи в 6 отдельных линиях 206 мин образца 1912 г. с углублением 3,5 м и минным интервалом 50 м. Постановка мин проводилось круглые сутки и обеспечивалась двумя торпедными катерами, береговой артиллерией и самолетами 43-й отдельной авиаэскадрильи (оаэ).[154]
На позиции перед Лиепаей были выведены подводные лодки: Л-3, М-79, М-81 и М-83. В 9 ч 30 м в море для несения дозора вышла подводная лодка М-83, в 9 ч 33 м торпедные катера №№ 27 и 67, через 6 минут пограничные катера №№ 213 и 216. В 10 ч 30 м в море для несения дозора вышла подводная лодка М-81.[155] В 19 ч 22 м в район мыса Акменьрагс вышла в дозор подводная лодка Л-3.[156] По разному сложилась их судьба. М-83 из-за неисправности оптики 25 июня вернулась в Лиепаю и приняла участие в обороне города.Командир тральщика Т-204 («Фугас») старший лейтенант Гиллерман В. Л.
Подводная лодка Л-3 на рассвете 26 июня получила приказ командира 1-й бр ПЛ выставить минное заграждение в районе Мемеля и 2 июля 1941 года вернулась наМоонзундские острова (бухта Кихелькона). В дальнейшем она провоевала всю войну. Её второму командиру капитану 3 ранга Коновалову В. К. 20 июля 1945 года было присвоено звание — Герой Советского Союза. Рубка подводной лодлки Л-3 стояла в качестве памятного знака на территории бригады ПЛ ДКБФ в Лиепае, а накануне 50-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне установлена в качестве экспоната на Мемориале на Поклонной горе в городе-герое Москве. Обеим подводным лодкам М-79 и М-82 в ночь на 26 июня было приказано вернуться в Усть-Двинск (Даугавгриву). М-79 прошла всю войну и была исключена из состава флота в 1949 году. М-81 1 июля 1941 года при переходе в Палдиски (в районе о. Вормси) подорвалась на немецкой донной магнитной мине. Из экипажа спаслось 2 человека.