Увидев полицейских, завсегдатаи клуба решили, что они захотели больше денег, и стали возмущаться. Особенно устали от рейдов трансгендеры: им во время проверки приходилось проходить осмотр на определение пола — если одежда полу не соответствовала, их отправляли в отделение для составления протокола. Ивонн Риттер все-таки удалось сбежать: она понравилась молодому полицейскому, который засунул ее в автозак, но дверь оставил открытой и отвернулся, когда она вылезла. Возможно, если бы она знала, что произойдет дальше, она не торопилась бы скорее скрыться.
Пока Ивонн бежала от «Стоунволла», вокруг него происходила странная вещь: обычно расходившиеся по домам после очередного рейда, в этот раз посетители бара не ушли. Недовольные произволом полиции, они остались у бара. К возмущенной толпе постепенно стали подтягиваться друзья, и через какое-то время начались столкновения с полицейскими. Представить, что на такое способны гомосексуалы, тогда не мог никто. Когда кто-то в толпе крикнул: «Gay power!» — инспектор Сеймур Пайн, устроивший рейд и привыкший, что двух полицейских достаточно, чтобы запугать пару сотен геев, понял, что у него проблемы: «Внезапно они перестали быть покорными и бояться, что об их ориентации узнают. Перед нами стояли обычные разъяренные люди».
К 1969 году разъяренной толпой Америку было не удивить. В 1963 году «Марш на Вашингтон за рабочие места и свободу» собрал порядка 250 тыс. человек; в походе на Пентагон, акции протеста против войны во Вьетнаме, прошедшей в октябре 1967-го, приняло участие около 100 тыс. Люди собирались тысячами, чтобы выразить возмущение убийством Мартина Лютера Кинга или выступить против производства напалма. Но чаще всего — чтобы заявить о своих правах. Феминистки и студенты, латиноамериканцы и афроамериканцы — в 60-х свои права отстаивали все. Кроме гомосексуалов — до происшествия в «Стоунволле» массовых акций они не устраивали, хотя их положению было не позавидовать.
В 1969 году во всех штатах, кроме Иллинойса, гомосексуальность считалась преступлением. За секс по согласию между двумя взрослыми людьми одного пола полагалось наказание: в зависимости от штата — от штрафа до пожизненного заключения. Во многих штатах существовали и другие законы, ограничивавшие права гомосексуалов: где-то им не продавали алкоголь в общественных заведениях, где-то выписывали штрафы за долгое нахождение в общественном туалете, где-то увольняли с работы. Увольнение было самой распространенной формой дискриминации. Гей-активистка Джери Фейр вспоминала: «Если появлялось малейшее подозрение, что ты лесбиянка, тебя тут же увольняли с работы. Тебе не позволяли попрощаться с коллегами или собрать вещи со стола — ты просто исчезала. Мысли постоять за себя даже не возникало, ведь последствия такого протеста могли быть хуже увольнения». Устроиться на аналогичную должность, например — школьным учителем, после увольнения было практически невозможно: данные уволенных за гомосексуальность вносились в открытую базу, которой пользовались почти все работодатели.
Не лучшим было положение геев на военной и государственной службе: гомосексуальность считалась проявлением «эмоциональной неустойчивости, несущей угрозу национальной безопасности» — со службой в армии или в государственных структурах это было несовместимо. Чтобы уволить человека, достаточно было анонимного доноса. Помимо этого, поиском геев активно занимались полицейские и агенты ФБР: они устанавливали прослушивающие устройства и камеры в местах, где обычно собирались гомосексуалы, а иногда устраивали охоту на живца, изображая геев и провоцируя людей раскрывать свою сексуальную ориентацию.
Общественного протеста ущемление прав геев не вызывало: гомосексуальность считали опасной болезнью. Несмотря на результаты исследований Альфреда Кинси, обнародованные в 1948 году и показавшие, что 37 % мужчин хотя бы раз в жизни вступали в гомосексуальную половую связь, в 1952 году Американская ассоциация психиатров все равно включила гомосексуализм в перечень психических расстройств. В 60-е психиатры уже говорили об эпидемии и настаивали на принудительном лечении с помощью стерилизации, электрошоковой терапии, кастрации или лоботомии. По телевизору родителям объясняли, как распознать болезнь на ранней стадии: «Слишком деликатно приглаживает волосы и поправляет воротничок? Нормальные мальчики так себя не ведут». Отношение населения к гомосексуалам отражали результаты опроса, проведенного CBS в 60-х: «Двое из трех американцев смотрят на гомосексуалов с отвращением, беспокойством и страхом».