Выяснение филогении — единственная цель сравнительной анатомии по мнению Карла Гегенбаура
(С. Gegenbaur, 1826–1903), крупнейшего анатома XIX в., основателя филогенетической сравнительной анатомии, учредителя журнала «Эмбриология не подтвердила этой теории. Факты, на которых она основана, весьма немногочисленны, а из них главный — строение плавников рогозуба, рыбы весьма оригинальной, парные конечности которой обладают исключительным строением. Все же теория архиптеригия пользовалась успехом и долго соперничала с другой теорией происхождения парных конечностей (с теорией «боковых складок»), а сам Гегенбаур так и умер, уверенный в своей правоте. Впрочем, и теория «складок» в настоящее время отвергается.
Позвоночная теория черепа была отвергнута Гегенбауром, давшим новую теорию, с хрящевым черепом низших рыб в основе. Но и здесь были допущены ошибки, почему и эта теория теперь если и принимается, то только с рядом оговорок. Причины неудач ясны и просты. Гегенбаур — комбинация эволюционного морфолога с философом-идеалистом. Натурфилософская подкладка сказалась, и она-то привела к обидным неудачам. Теория архиптеригия долго служила «шорами», мешавшими исследователям видеть то, что есть на самом деле, — авторитет Гегенбаура был колоссален. Она же принесла и большую пользу: при разработке ее найдено много ценных фактов, послуживших для дальнейших исследований и обобщений.
Гегенбаур только в начале своей деятельности немного занимался эмбриологией. В сравнительно-анатомических работах он не пользовался эмбриологическим методом, полагая, что эмбриональный материал слишком пластичен, а потому органы зародышей часто изменены вторично и притом значительно сильнее, чем органы взрослых животных. Другие исследователи были настроены менее критически, широко использовали эмбриологический материал и получили замечательные результаты.
Первые крупные сравнительно-эмбриологические исследования и сопоставления, сделанные в свете эволюционного учения, дал англичанин Френсис Бальфур
(F. Balfour, 1851–1882), крупный зоолог и один из основателей сравнительной эмбриологии. Его работам придавалось такое значение, что для него была устроена кафедра морфологии животных в Кембридже. Бальфур прожил всего 31 год: он погиб при восхождении на «Белую иглу» в Швейцарии. Его главнейший труд — «Блестящие открытия были сделаны гениальным русским зоологом и эмбриологом Александром Ковалевским (1840–1901). Именно ему мы обязаны выяснением положения в системе столь загадочных до того времени плеченогих, асцидий, даже ланцетника. Вместе с И. И. Мечниковым (1845–1916) А. Ковалевский исследовал историю эмбрионального развития многих членистоногих, показав и доказав, что зародышевые листки позвоночных и беспозвоночных гомологичны. Доказательством идеи, что закладка органов у всех многоклеточных животных (кроме разве губок) протекает по одной схеме, А. Ковалевский обессмертил свое имя (о нем и о Мечникове см. стр. 237
, 272).