Была проведена реорганизация погранохраны. 20 марта 1939 г. Дальневосточный округ пограничных и внутренних войск был разделен также на два — Приморский и Хабаровский. Одновременно из состава Хабаровского погранокруга выделились внутренние войска НКВД (железнодорожные, промышленные, конвойные, оперативные).
При этом необходимо отметить, что реорганизации подверглись и вооруженные силы ДВК. Дальневосточный фронт был ликвидирован и разделен на три отдельные армии: 1-ю, 2-ю и Северную группу войск, которые напрямую подчинялись Москве.
Были приняты и другие меры по укреплению обороноспособности региона и нейтрализации угроз стране. Они оказались своевременными, так как существовали реальные предпосылки втягивания СССР в войну.
При проведении реорганизации, естественно Соболев был снят с должности. Секретарь оргбюро ЦК ВКП(б) по Хабаровскому краю Донской 9 ноября 1938 г. сообщил Маленкову, что Горбач получил из Москвы указание произвести обыск в квартире и служебном кабинете Соболева. Он ограничился тем, что информировал об этой директиве. Донской просил отменить эту операцию т. к. в квартире, которую занимал Соболев, уже полмесяца живет первый секретарь Хабаровского крайкома и это указание, будучи не отмененным, выглядит довольно двусмысленно. В дополнение он сообщает, что непонятно значение этой операции, так как Соболев увез не только свои, а и даже кое какие казенные вещи. В бывшем служебном кабинете Соболева никаких документов не обнаружено. Есть сведения, что какие-то документы уничтожат помощник Соболева Уланов, уехавший вместе с ним.
Донской посчитал необходимым сообщить о Горбаче. В связи с тем, что задержалось назначение начальников НКВД в ДВК, Горбач чувствует себя неуверенно. После ареста Ямницкого и Серикова стал нервничать еще больше. Донской считал очень важным ускорить решение по вопросу о назначении начальника УНКВД края. При решении этого вопроса просил учесть мнение о том, что работу Особого отдела во Второй армии целесообразно выделить из подчинения краевого НКВД создав там самостоятельный аппарат[131]
.18 ноября 1938 г. в дополнение к разговору с Маленковым по прямому проводу Донской сообщил, что Соболев своими указаниями об исключениях из партии создал такую обстановку в крае, при которой коммунисты больше думали о своей судьбе, чем об укреплении границы, разоблачении врагов и так далее. Коммунисты не могли в этой обстановке по-настоящему помогать чекистам, в парторганизациях царила неуверенность. В результате органы НКВД очистительную работу вели изолированно, райкомы зачастую не знали об арестах лиц, имевших партбилеты, а в колхозах и деревнях главную роль играли милиционеры, которые проводили аресты. Благовещенск, Амурская область одно из вероятных направлений японского удара и только в интересах врага было создать в этих районах обстановку разброда, «ожидания событий», перемести эти настроения в среду красноармейцев, в гарнизоны, распложенные на границе.
История повторяется. Теперь Донской «топил» Соболева. По его мнению, Соболев давал свои установки именно с этих позиции и Горбач безусловно виноват в том, что он ограничивался ролью «беспристрастного наблюдателя». Он был обязан, как коммунист, как чекист, отвечающий за политическую обстановку в крае, вести себя более активно. Он же в лучшем случае только «в душе» сомневался в правильности поведения Соболева. Наиболее опасным является то обстоятельство, что очистку проводил бесконтрольно такой аппарат, который нуждался в особом контроле. Нужно иметь ввиду, что работники НКВД подбирались в Амурской области и «воспитывались» в течение ряда лет врагами, сидевшими там на руководящих постах, и именно они проводили операцию.