В Петербурге он вообще развил очень бурную деятельность. Упорное желание попасть в Академию наук, причём по археологическому «направлению», стимулировало не только активное изучение им археологии, но и не менее активную организаторскую работу. Стремясь обрести нужный вес в научных кругах, Кёне выступил инициатором создания в России специального нумизматического общества, но поскольку археология также привлекала его, он соединил две эти науки под одним «административным» названием — так в 1846 году появилось Археологическо-нумизматическое общество в Петербурге (позднее Русское археологическое общество). Президентом общества согласился стать герцог Максимилиан Лейхтенбергский (зять Николая I), вице-президентами сделались Жиль и Рейхель, а секретарями — И. А. Бартоломей и Кёне. По сути, вся организационная работа легла на плечи предприимчивого иммигранта, который сразу же постарался придать ей как можно более широкий размах.
Работа в обществе выявила несколько характерных черт деятельности Кёне. Во-первых, он сумел организовать издание «Записок» общества, шесть томов которых увидели свет в 1847–1852 годах. Во-вторых, Кёне отличала огромная научная активность, он выступал практически на каждом заседании общества, а его интересы были широки и разнообразны. Достаточно сказать, что когда в разросшемся обществе в 1851 году образовались три отдела (русской и славянской археологии, восточной археологии и древностей, и западной археологии), Кёне записался во все три и в третьем был избран секретарём. Наиболее крупной научной работой Кёне этого периода стала книга «Исследования об истории и древностях Херсонеса Таврического» (СПб., 1848). В-третьих, Кёне всячески стремился пропагандировать себя и общество в европейском масштабе. На нём лежала вся переписка с иностранными учёными. Работы самого Кёне печатались на семи языках. А иностранные научные общества неизменно принимали его в свои члены, так что к концу жизни Кёне являлся членом 30 зарубежных обществ и академий (при этом в Петербургскую он так и не попал). Кстати, ориентированность на Запад привела к тому, что Кёне старался не допускать на заседаниях докладов на русском языке (только на французском и немецком, издание «Записок» общества осуществлялось на французском, немецком и русском языках), и лишь после того, как в общество вступил этнограф и археолог Иван Петрович Сахаров (1807–1863), русский язык был восстановлен в своих правах.
В период деятельности Кёне в обществе и его работы в Эрмитаже ярко проявилась ещё одна его весьма нелицеприятная черта, отталкивавшая многих общавшихся с ним людей — «искательство», стремление заручиться поддержкой значительных фигур чиновного мира, очевидный карьеризм с авантюристическим оттенком. И действительно, со временем Кёне сумел войти в доверие к нескольким крупным вельможам, которым помогал формировать нумизматические коллекции. Делалось это, по-видимому, не всегда «чистыми» методами, и Кёне приобрёл репутацию ловкого дельца, успешно занимавшегося скупкой и продажей монет. Эта сторона его деятельности привела Кёне к конфликту с его непосредственным начальником Ф. А. Жилем, подозревавшим его в хищении монет из эрмитажной коллекции. Эти обвинения доказаны не были, но Кёне пришлось в 1850 году перейти на службу во Второе отделение Эрмитажа (картинная галерея)[515]
.Карьера Кёне в Русском археологическом обществе также оборвалась с приходом нового августейшего руководителя, брата Александра II великого князя Константина Николаевича. Он не утвердил избрание Кёне секретарём третьего отдела общества (единственный случай за всю историю общества), в результате чего в 1853 году Кёне покинул его ряды.