В результате государственного переворота, совершённого Оботе, Амин в 1966 году стал главнокомандующим вооружёнными силами Уганды (в 1968 году получил звание генерал-майора).
Получив такие полномочия, он стал набирать в армию лояльных к нему мусульман из племён каква, лугбара и прочих, населяющих прилегающие к суданской границе области на западном берегу Нила, а также нубийцев-переселенцев из Судана.
Со временем напряжённость между президентом и командующим армией, ранее бывшими соратниками, нарастала, чему способствовали поддержка Амином восстания в Южном Судане и неудачное покушение на жизнь Оботе.
В октябре 1970 года президент принял на себя функции главнокомандующего вооружёнными силами, понизив таким образом статус Амина.
Зная, что Оботе в ближайшее время собирается арестовать его за казнокрадство, Амин приступил к решительным действиям.
Пока Оботе находился в Сингапуре на саммите Британского Содружества наций, 25 января 1971 года Амин захватил всю полноту власти в результате очередного государственного переворота.
Подконтрольные Амину войска перекрыли ключевые дороги, заняли Кампалу, окружили президентскую резиденцию и заблокировали международный аэропорт Энтеббе – главную артерию, связывавшую страну с внешним миром.
В эфире Радио Уганды свергнутый президент Оботе был обвинён в коррупции и излишнем покровительстве региону Ланги.
Первые шаги Амина на посту нового президента были призваны расположить к нему как население, так и иностранные государства.
Амин провозгласил, что является «солдатом, а не политиком», и передаст власть гражданским лицам, как только ситуация нормализуется и будут проведены выборы.
Декретом № 1 от 2 февраля 1971 года он восстановил действие конституции и объявил себя президентом и верховным главнокомандующим Уганды.
Была распущена секретная полиция, из тюрем освобождались политзаключённые, а тело первого президента Уганды Мутесы, смещённого при прямом участии Амина, было возвращено из Великобритании и торжественно перезахоронено.
Британское министерство иностранных дел не нашло более подходящей характеристики для нового единоличного правителя Уганды, как «…хороший футболист».
Интересно, что все члены правительства Амина были награждены военными званиями и личными автомобилями «Мерседес».В 1975 году Амин в мирное время сам себе присвоил звание фельдмаршала, а в 1976 году провозгласил себя пожизненным президентом Уганды.
Первоначально Амин ориентировался на поддержку Великобритании, Израиля и ЮАР, где господствовал режим апартеида.
Рассчитывая на поддержку со стороны Запада, он был тепло принят в Великобритании.
Первая его заграничная поездка была совершена с целью получить кредиты и финансовую помощь от Израиля, однако местное руководство отнеслось к предложениям президента-мусульманина с подозрением и отказало в кредитовании угандийской экономики.
В результате Амин разорвал дипломатические отношения с этой страной и обратился за помощью к Ливии. Муаммар Каддафи, поддерживавший антиимпериалистические движения по всему миру, пришёл к выводу, что Иди Амин так же искренен в своём стремлении освободиться от иностранной зависимости.
Уганда стала одним из ближайших союзников Ливии, а, следовательно, и получателем военной и гуманитарной помощи из Советского Союза. От СССР Амин требовал, в первую очередь, поставки вооружений.
Вплоть до свержения Иди Амина в 1979 году в Уганде работала группа советских военных советников.
В 1975 году в кенийском порту Момбаса был арестован советский груз оружия, предназначавшийся для угандийского режима. Соединённые Штаты Америки закрыли своё посольство в стране в 1973 году, а Великобритания – в 1976 году.
Террор
Придя к власти, Амин начал массовую пропаганду «реформ», с внедрением в угандийское общество идей социализма, экстремистского национализма, трибализма, расизма и сексизма, а также усилением центрального аппарата управления, национализации собственности и экономической деятельности.
В первые месяцы управления Амином были созданы эскадроны смерти, первыми жертвами которых стали 70 офицеров, выступивших против Амина во время переворота. Голову одного из них, начальника штаба Сулеймана Хуссейна, Амин впоследствии держал в своём холодильнике в качестве трофея.