Однако такое «идеальное» положение наблюдалось только на севере Афганистана, а в центральных и восточных провинциях партизанская война разворачивалась с новой силой. Причем из-за того, что руководство СССР упорно не хотело признавать, что в Афганистане ведется партизанская война, советские регулярные войска оказались неподготовленными к ней. Приобретение же опыта контрпартизанских действий сопровождалось ощутимыми неоправданными потерями.
Большие людские потери, материальные затраты и падение авторитета на мировой арене заставили советское правительство признать невозможность разрешения афганского конфликта военными средствами и обратиться к дипломатии. В конечном итоге Политбюро ЦК КПСС приняло решение о выводе ОКСВ в течение двух лет, и уже в середине осени 1986 г. Афганистан покинули шесть советских полков (8 тысяч человек) и 1300 единиц боевой техники.
Для пограничников это обернулось запретом с января 1987 г. участвовать в боевых операциях без разрешения Москвы. Такой запрет привел к тому, что к весне обстановка в зонах ответственности погранвойск значительно осложнилась. Мятежники, получив свободу передвижения, начали восстанавливать свои базы, восполнять потери, в основном за счет переброски вооруженных диверсионных и террористических групп из Пакистана. Эти действия привели к срыву национального примирения и к затяжке братоубийственной войны. Так называемый «главнокомандующий отрядами Исламского общества Афганистана» (ИОА) Ахмад-Шах Масуд объединил ряд соперничавших вооруженных формирований и провел несколько успешных наступательных операций, а также провокаций на границе. Так, в марте 1987 г. моджахеды обстреляли реактивными системами советский город Пяндж и совершили нападение на группу пограничников Московского погранотряда. В результате этих терактов погибли пограничники и мирные жители.
Для обеспечения безопасности советско-афганской границы и предотвращения бандитских действий были прикрыты с афганской территории советские города и населенные пункты Кушка, Термез, Пяндж, Московский, Хорог и ряд других, а также все мосты и переправы. Для этой цели были выделены специальные подразделения, заставы и погранотряды, усиленные личным составом, артиллерией, в том числе реактивной, и другой боевой техникой. Округ получил дополнительное количество вертолетов и самолетов.
Кроме того, для очистки приграничной с СССР зоны от наиболее активных мятежников погранвойска вынуждены были совместно с афганскими силами в 1987–1988 гг. вновь провести несколько операций. Например, 22 октября 1987 г. была сорвана попытка имамсахибской группировки повторно обстрелять советский город Пяндж.
17 января 1988 г. во время проведения спецоперации в зоне ответственности Пянджского погранотряда были сбиты два вертолета и один подбит. Тогда погибли: майор В.А. Карпов, капитан Н.П. Окомашенко, капитан П.С. Красовский и прапорщик Э.Ю. Чекмарев.
Как это произошло, вспоминает один из участников той операции: «Экипажи обоих бортов были сбиты и погибли при высадке Пянджской ДШМГ в районе кишлака Якатут в зоне ответственности Имам-Сахибской ММГ. В том бою был подбит еще один борт, но он сумел дотянуть до Пянджа. В январе 1988 г. готовилась операция в районе Дарката. Были определены уже даже номера площадок для высадки ДШМГ. Но тут поступили разведданные, что под Имам-Сахибом находится группа Рауфа (брат Латифа), с 12-зарядной БМ и партией оружия. Вечером 16 января силами эскадрильи, базирующейся в Пяндже и Московском, был нанесен ракетно-бомбовый удар по месту предполагаемого нахождения мятежников. С Имам-Сахиба работал «Град». Перед Пянджской ДШМГ была поставлена задача десантироваться в районе Якатута и провести проческу местности. Утром 17 января после «расчета» по бортам началась высадка ДШ. Первыми улетели 3 боевые группы (1, 2 и 3-я заставы) для захвата площадок. При высадке ребята попали под сильный огонь духов. Вертушки стали их прикрывать. В этот момент и был подбит первый борт. На вираже, в точке зависания, в него попал ПЗРК (как мне потом ребята рассказали). Я летел со второй партией. При подлете к площадке наша вертушка в лоб была обстреляна из ПЗРК. Выстрел прошел над несущим винтом. Летчики увидели момент выстрела и успели «провалиться» вниз. После того как высадились, мы начали продвижение по арыку в сторону дувалов, где засели духи. В этот момент был подбит второй экипаж. Летчики проходили над нами, когда в их вертушку попал ПЗРК. Борт накренился, задымил и упал от нас где-то на расстоянии метров пятьсот, ближе к площадке, где десантировались ребята со 2-й заставы. Они первыми и рванули к вертолету. Ребята попытались вытащить экипаж из вертушки, но вспыхнул керосин и… В общем — не смогли. Потом после боя выяснилось, что у Рауфа были «Стингеры» и инструкторы, прошедшие спецподготовку в Пакистане».