С 15 мая 1988 по 15 февраля 1989 г. спецподразделения погранвойск предприняли ряд крупномасштабных действий по обеспечению безопасности вывода из Афганистана частей 40-й армии. Выдвижение армейских колонн в зоне ответственности пограничных войск осуществлялось по двум маршрутам с пропуском их на границе: в Кушке и Термезе. Спецподразделения погранвойск выводились из ДРА в последнюю очередь — с 5 по 15 февраля 1989 г.
На первом этапе вывода ОКСВ (15 мая — 15 августа 1988 г.) с уходом 50 % советских войск вооруженным формированиям оппозиции удалось взять под контроль ряд районов ДРА (Файзабад, Шахри-Бузурга, Ханабад, Кундуз и др.), а в декабре 1988 г., объединившись в 5-тысячную группировку, провести крупную наступательную операцию и захватить город Талукан с огромными трофеями.
На втором этапе вывода войск (15 ноября 1988 — 15 февраля 1989 г.) борьба оппозиционеров за расширение сферы своего влияния значительно усилилась. Консолидировавшись вокруг ИОА, они свергли в ряде городов (Имам-Сахиб, Калабад и др.) законную власть. В связи с этим для усиления прикрытия советско-афганской границы в зоны ответственности Тахта-Базарского, Керкинского, Пянджского и Московского погранотрядов дополнительно были введены шесть мотомангрупп из Восточного, Забайкальского, Тихоокеанского и Дальневосточного пограничных округов. Погранотряды были усилены реактивными системами «Град». К концу 1988 г. пограничные войска имели самую крупную за время пребывания в ДРА универсальную группировку численностью более 11 тысяч человек, обладавшую большими оперативными и боевыми возможностями. Группировка располагалась в 66 гарнизонах на афганской территории и поддерживалась значительными силами погранподразделений и авиацией с советской территории.