В 1960 г. фон Браун и группа из примерно 120 ученых, инженеров и техников, участвовавших в операции "Скрепка", были переведены из армии в только что созданное Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства (НАСА) с заданием создать ракеты "Сатурн", которые должны были доставить человека на Луну. Фон Браун был назначен директором нового центра НАСА - Центра космических полетов имени Маршалла, также расположенного на территории Редстоунского арсенала, а также главным архитектором ракеты-носителя "Сатурн V", или "супербустера", как ее стали называть. Заместителем фон Брауна по разработке программы "Сатурн" был Артур Рудольф, бывший директор по операциям на рабском предприятии "Миттельверк".
Для ракеты Saturn V требовался собственный стартовый комплекс и ангар. Мыс Канаверал, расположенный на восточном побережье штата Флорида, был выбран как идеальная площадка. 1 июля 1962 г. НАСА открыло там свой Центр пусковых операций, назначив директором Курта Дебуса. Дебус был ярым нацистом, который во время войны по собственной воле сдал в гестапо своего коллегу-инженера за антигитлеровские высказывания. Для размещения гигантской ракеты "Сатурн" на близлежащем острове Мерритт (Merritt Island) по адресу NASA построило здание вертикальной сборки . Вскоре это сооружение стало самым объемным зданием в мире - оно было больше Пентагона и почти таким же высоким, как монумент Вашингтона. Проект был разработан Бернхардом Тессманном , бывшим конструктором объектов в Пеенемюнде и Нордхаузене, и одним из тех, кто в конце войны спрятал документы по V-2 в шахте Дёрнтена.
Как и Дорнбергер, фон Браун тщательно старался обелить свое нацистское прошлое. Он знал, что никогда не следует говорить о том, что в 1937 году он стал членом нацистской партии. Когда однажды репортер неверно спросил его о том, что он вступил в партию "в 1942 году", фон Браун отбросил свою научную точность и решил не поправлять журналиста . Вместо этого фон Браун сделал то, что делал всегда, - сказал, что его заставили вступить в нацистскую партию. Ни разу фон Браун не сказал о кавалерийском подразделении СС, в которое он вступил в 1933 г., ни о том, что в 1944 г. он стал офицером СС и носил офицерскую форму СС со свастикой на нарукавном знаке и фуражкой с изображением головы смерти. За такие откровения его могли бы депортировать на основании Закона о внутренней безопасности 1950 г., который был призван не только не пускать в страну коммунистов, но и распространялся на всех, кто состоял в "тоталитарных диктатурах". Однако факт его службы в СС оставался тайной, тщательно охраняемой всеми сторонами - и фон Брауном, и американскими военными, и NASA, пока в 1985 г. журналистка CNN Линда Хант не раскрыла эту историю.
Но мрачная тень соучастия фон Брауна в нацистских военных преступлениях преследовала его повсюду. Иногда она подкрадывалась к нему сзади. Однажды, посещая редакцию журнала Collier's, он ехал в лифте с коллегой по Paperclip Scientist Хайнцем Хабером из Школы авиационной медицины на базе ВВС Рэндольф и Корнелиусом Райаном, его редактором. В лифте также находились несколько сотрудников журнала Collier's, один из которых подошел к Хаберу, потер между пальцами кусок кожаного пальто ученого и язвительно сказал: " Человеческая кожа, конечно? ".
По мере того как человек все ближе и ближе подбирался к Луне, Вернер фон Браун параллельно поднимался по лестнице богатства и славы. Поскольку фон Браун был публичной фигурой, его нацистское прошлое всегда оставалось, но в тени. К 1960-м годам оно иногда воспринималось как шутка. Однажды перед полетом "Аполлона" фон Браун покинул пресс-конференцию, когда репортер спросил его, может ли он гарантировать, что ракета не упадет на Лондон . Том Лерер написал песню, в которой сатирически отозвался о фон Брауне: "Когда ракеты взлетают, кого волнует, где они спускаются? Это не мой отдел", - говорит Вернер фон Браун". Режиссер Стэнли Кубрик создал образ фон Брауна в своей черной комедии "Доктор Стрейнджлав", где сумасшедший ученый, встав с инвалидного кресла, восклицает: "Майн фюрер, я могу ходить!". Но в 1963 году в Восточном Берлине популярный писатель и юрист Юлиус Мадер написал книгу под названием Секрет Хантсвилля: Истинная карьера ракетного барона Вернера фон Брауна". На обложке книги был изображен фон Браун в черном мундире штурмбанфюрера СС. На шее фон Брауна висел Рыцарский крест, врученный ему Альбертом Шпеером на мероприятии в замке Варлар. В книге, опубликованной издательством Deutscher Militärverlag, фон Браун был представлен как ярый нацист и подробно рассказывал об убийственных условиях на рабской базе в Нордхаузене, где фон Браун руководил работами, и в концлагере Дора-Нордхаузен, поставлявшем рабсилу.