10 октября архимандрит Антоний (Храповицкий), ректор Академии, постриг Михаила Федоровича в мантию с именем в честь преподобного Михея, ученика св. Сергия Радонежского. Спустя неделю о. Михей был рукоположен во иеродиакона, а 16 мая 1893 года во иеромонаха. Не только о. Михею, но и большинству студентов нравился ректор своей бескомпромиссной приверженностью к истовому Православию и к традиционному для него аскетизму. К тому же он был одним из самых деятельных монархистов и патриотов России. Его влияние на учащихся было огромно, так как он при глубине своих знаний блестяще владел устной речью. Кроме учебных лекций, он устраивал у себя келейные собеседования, которые очень много полезного дали учащимся. О. Михей не пропустил тогда ни одного такого собеседования. Он во всем сходился во взглядах с архимандритом Антонием.
В 1896 году о. Михей окончил Духовную Академию и был выпущен со званием кандидата богословия. В ближайшие годы он пережил несколько назначений, не дававших нигде в полную силу развернуться. Сразу после выпуска – смотритель Жировицкого духовного училища при одноименном монастыре в Западной Белоруссии. Через полгода, с 4 декабря, синодальный ризничий в Москве и одновременно настоятель храма Двунадесяти Апостолов. Месяца не прошло – настоятель Иосифо-Волоколамского монастыря с возведением в сан игумена, а через два года – в сан архимандрита.
В 1900 году он послан был сопровождать санитарный отряд, который перевозил раненых русских воинов из Китая во Владивосток во время «боксерского» восстания. Пароход «Царица» вышел из Одессы, на пути посетил Цейлон и через Индийский океан достиг Китая. Миссия была выполнена блестяще. Архимандрит Михей получил благодарность Императрицы Марии Феодоровны, покровительницы русского Общества Красного Креста. 2 июня 1901 года новое назначение – настоятелем в херсонский Свято-Владимирский монастырь, основанный знаменитым проповедником и духовным писателем архиепископом Херсонским и Таврическим Иннокентием. Наконец, 2 апреля 1902 года архимандрит Михей наречен был во епископа Сарапульского, второго викария Вятской епархии. Хиротония состоялась в вятском кафедральном соборе св. благоверного князя Александра Невского 19 мая того же года. Так начался славный архиерейский путь владыки Михея, бережно сохранявшего на высоких кафедрах оптинское аскетическое устроение.
В любви к ближнему мало было ему равных среди иерархов; среди множества епархиальных забот он всегда находил время для сбора средств в пользу нуждающихся крестьян, особенно детей. Многие детские приюты получали собранную им помощь. В связи с этими делами у него были встречи и переписка с Великой Княгиней Елисаветой Феодоровной, впоследствии преподобномученицей. Она часто благодарила владыку Михея за помощь не только бедным, но и паломникам в Святую землю и Русской Православной Миссии в Иерусалиме. Позднее они встретились и в Оптиной Пустыни.
В августе 1906 года владыка был перемещен в Волынский край первым викарием к бывшему ректору Московской Духовной Академии, а теперь архиепископу Антонию. Они вместе повели борьбу с унией и вообще католическим влиянием на русских крестьян. Через два года последовало назначение на Архангельскую кафедру. Сбылось предсказание о. Иоанна владыке Михею: «Будешь на родине моей архиереем». В 1909 году владыка приезжал в Петербург на похороны о. Иоанна, а потом, вернувшись в Архангельск, отправился в Суру, на родину великого кронштадтского пастыря, где молился в храме заложенного о. Иоанном женского монастыря. Епархия была огромной – владыка Михей изъездил ее всю, побывал на Соловках и в Печенгской обители, где монахи подвизались в суровых условиях Заполярья.
17 апреля 1912 года состоялось последнее его назначение – епископом Уфимским и Мензелинским. Когда-то подвизался здесь архиепископ Филарет (Амфитеатров), по последней кафедре митрополит Киевский и Галицкий. Им заложены были здесь крепкие основы церковной православной жизни, но край населен был преимущественно «инородцами» – башкирами, татарами, черемисами, среди которых издавна действовали шаманы и отчасти мусульмане. Миссионерство требовало огромных трудов. Владыка Михей немедленно принялся за труды. Он основал Березовско-Богородицкий женский монастырь на Каме, куда Великая Княгиня Елисавета Феодоровна прислала написанный ею образ Христа Спасителя. Уфимское духовное училище также было всесторонне укреплено. Совершались частые миссионерские поездки.