Но здоровье владыки к этому времени пришло в большое расстройство, так что он вынужден был проситься на покой. Синод уволил его на покой в Почаевскую Лавру, но владыка через малое время, в январе 1914 года, добился перемещения, также на покой, в родную Оптину Пустынь. Здесь его приняли с любовью. Наместник отвел ему отдельный корпус, куда владыка перевез свои необходимые вещи и большую библиотеку, которую в начале 1917 года пожертвовал в библиотеку монастыря. «Покой» его заключался, несмотря на слабое здоровье, не в отдыхе и праздности, а в постоянном служении в храме и в собеседовании с братией о духовном. К нему за разрешением многих вопросов постоянно обращались и благочинный, и настоятель, которым тогда был архимандрит Ксенофонт (он скончался 30 августа 1914 года, и настоятелем стал игумен, потом архимандрит Исаакий, будущий священномученик).
В Летописи Скита Оптиной Пустыни (не опубликованной до сего времени) отмечалось:
«7
29 мая владыка Михей с настоятелем и старшей братией после Литургии, на которой Великая Княгиня причастилась Св. Христовых Тайн, посетил вместе с нею Скит, там, в храме Иоанна Предтечи, владыка отслужил краткий молебен о здравии высокой паломницы. Потом она осматривала Скит – библиотеку, трапезную, соборную келью, братское кладбище. Посетила кельи монаха Иова и старца Нектария. 30 мая после вечерни и напутственного молебна владыка Михей сказал Великой Княгине прощальное слово и закончил его земным поклоном. «Момент был в высшей степени трогательный, – писал корреспондент журнала "Русский паломник" (№ 29 за 1914 год). – Великая Княгиня Елисавета Феодоровна также поклонилась до земли. А затем в сопровождении братии и всего народа направилась к парому, где приготовлены были экипажи. Весь путь от собора до парома усыпан был зеленью и цветами. Ее Императорское Высочество Великая Княгиня взошла на паром. Взошли и преосвященный Михей и другие начальствующие лица. Паром тронулся. А братский хор чудно запел величественный догматик пятого гласа: "В Чермнем мори…" Затем возглашено было многолетие. И Великая княгиня, попрощавшись с братией, причем поклонившись в землю настоятелю о. Ксенофонту милостиво раскланиваясь, села в экипаж и изволила отбыть на станцию Козельск».
В Летописи и далее столь же часто отмечаются служения епископа Михея. 16 июня он служил молебен о даровании дождя, и во время крестного хода к Амвросиевскому колодцу разразилась сильная гроза с громом и ливнем. В июле 1914 года началась мировая война. По объявлении мобилизации из Оптинского братства было призвано в армию около 50 человек. Их провожали с любовью. 20 июля в Летописи записано: «По случаю отъезда братии, призванных по мобилизации, преосвященный Михей служил напутственный молебен».
К сожалению, в 1915 году скитская Летопись прервалась: ведший ее в 1914 году рясофорный инок Александр Аваев, офицер запаса, отбыл на действительную службу. С 1 января 1916 года записи продолжил иеродиакон Кирилл (Зленко), будущий исповедник веры. Он отметил, что 7 января владыка Михей уехал в Петроград, а 2 февраля, на праздник Сретения Господня, возвратился и продолжил свои служения. Так, он возглавил торжественное богослужение на Благовещение (25 марта), совершавшееся в монастыре. В Неделю ваий Литургию также совершал он. На Страстной седмице, в Пяток, в Казанском соборе владыка служил великую вечерню и вынос Плащаницы. 10 апреля – «все три службы: утреню, Литургию и великую вечерню совершал преосвященнейший епископ Михей» (за этой Литургией он рукоположил во иеродиакона будущего преподобного – о. Никона).