Объединенная библиотека обители и Скита в 30 тысяч томов стала по праву называться «научной» и потому строго охраняемой государством. Сохранялся при ней богатый архив. А прекрасную переплетную мастерскую со всеми замечательными станками и оборудованием все же успели разграбить козельские чиновники.
Система музейных «павильонов» расположилась в братской трапезной, Владимирском храме, доме настоятеля и других помещениях. Сюда начали собирать все исторически и художественно «ценное» – старинное священническое облачение, утварь, мебель, иконы, картины. В ризницах оставалось только самое необходимое. Настоятеля, архимандрита Исаакия, то арестовывали, то выпускали, но от всякого руководства отстранили. Арестовывали и других монахов, выискивая всякие предлоги. В келлиях было холодно – все заготовленные дрова забрали оптинские «учреждения». Старец Анатолий, живший в домике близ Владимирской церкви, в эту морозную зиму 1919 года спал в полушубке и шапке, так как дров не хватало и почти все стекла в окнах были выбиты пьяными комсомольцами. Он говорил, однако: «Мы до конца потерпим с Божьей помощью».
Музеем «Оптина Пустынь», открытым в начале 1919 года, временно заведовал иеромонах Никон (Беляев), который надеялся, что пусть уж хотя в музее, но сохранится и не подвергнется разграблению достояние монастыря. Ему помогала приехавшая из Петрограда паломница журналистка Лидия Васильевна Защук (В 1938 году претерпевшая, уже как схимонахиня Августа, вместе с архимандритом Исаакием и другими мученическую кончину в Туле, – ныне она местно прославлена в Тульской епархии). Л. В. Защук осенью того же года утверждена была Главнаукой в должности директора музея. Власти прекрасно видели ее твердую религиозную настроенность, любовь к старцам, понимали, что она делает все для сохранения монастыря и молитвенной жизни в нем, а музей – лишь прикрытие. Но пока ничего не могли сделать – мешала Москва. Однако местные власти постоянно придирались к ней, даже арестовывали, но вынуждены были отпускать. До поры…
Экспонаты были размещены в павильонах потолочной и стенной живописи, культовых предметов, бытовых предметов, кустарных изделий. Были павильоны литературный, гравюрный рукоделия, а также два кабинета, посвященных живописи иеромонахов Даниила (Болотова) и Алексия (Виноградова).
Семидесятичетырехлетний иеромонах Алексий (Виноградов) не вставал с постели с декабря 1918 года. Келейник его с трудом отыскивал под снегом щепки или обломки хвороста и иногда протапливал времянку. Остатки красок в банках заледенели, кисти засохли – о. Алексий уже не работал. В эту последнюю зиму своей жизни он много молился, не выпускал из рук четок Навещали его архимандрит Исаакий, о. Никон с Лидией Васильевной Защук. Приносили ему, что могли, из пищи, ставили сами самовар и согревались вместе с болящим чаем. Нельзя было не посоветоваться с ученым монахом – историком, археологом, художником – о делах музея. Он передавал музею все, что имел, – рукописи, книги, художественные работы, целый архив папок с записями. Просматривал и отдавал, а какие-то рукописи просил келейника сжечь. Среди множества книг по русской истории, церковной археологии, богословию, а также богослужебных были и его собственные труды, изданные в разное время, в частности: «Краткие сведения о деревянных старинных храмах» (1877 год), «О деревянных старинных храмах Весьегонского уезда» (1877 год), «Опыт сравнительного описания и объяснения некоторых символических икон древнерусского искусства» (1877 год), «Родословное древо по памятникам христианской иконографии» (1879), «Исторический опыт западных христианских миссий в Китае» (1886), «История Библии на Востоке» (1889), «Китайская библиотека и ученые труды членов императорской духовной и дипломатической миссии в г. Пекине» (1889), «Миссионерские диалоги М. Риччи с китайскими учеными о христианстве и язычестве» (1889), «История английско-американской Библии» (3 тома, 1890-е годы) и другие книги. Передал он и массу не напечатанных нигде работ по археологии, церковной истории и китайскому языку, в частности, православный молитвенник на китайском языке и учебник грамматики китайского языка для русских, а также папки с записями и рисунками, сделанными во время археологических раскопок в Козельске. В Оптиной по предложению историка В. О. Ключевского, редактировавшего по просьбе Синода новое двенадцатитомное издание Житий святых, о. Алексий написал замечательные Жития святых – великомученика Георгия Победоносца и Пафнутия Боровского[6], которые и были помещены в соответствующих томах этого издания (ныне репринтно перепечатанного издательским отделом Оптиной Пустыни). Конечно, здесь перечислены не все труды о. Алексия, так как полных сведений о нем самом и о его трудах пока не собрано.