Восшествие на патриарший престол развязало Никону руки в наведении «порядка» и в церковных делах. Когда московские иерархи прознали о реформировании устоявшихся церковных традиций и канонов, открыто поддержать патриарха в этом намерении не решился никто. И это при том, что за спиной его стоял сам царь. Была затеяна нудная церковно-бюрократическая процедура обработки иерархов, «промывания мозгов», однако рвения в реформаторских устремлениях все равно не наблюдалось. «Перестройка», на которую хитроумный Никон подбил легко поддающегося влиянию царя, дорого обошлась русскому народу. Уже через полгода после восшествия на патриарший престол он приказал начать повсеместное исправление богослужебных книг и заменить привычное на Руси — да и в Европе — двоеперстие принятым в Византии только в XIII веке троеперстием. Характерно, что константинопольский патриарх Паисий, к которому Никон обратился за советом, усомнился в необходимости ломать сложившиеся формы обрядности — разные в разных христианских странах. Однако на соборе 1656 года все, кто крестился двумя перстами, были объявлены еретиками и отлучены от церкви. Епископа Коломенского Павла, выступившего против нововведений, Никон публично избил и сослал в дальний монастырь, где тот был задушен.
Недовольство «церковной затейкой» со стороны многих священнослужителей и простых верующих ничем не угрожало Никону, пока на его стороне были Алексей Михайлович и его приближенные. Кто по искреннему благочестию, кто из стремления угодить царю, они изо всех сил старались следовать официальному курсу. Рядом с Никоном в эти годы оказался и Ордин-Нащокин. Преодоление «псковского гиля» и его последствий связало их тесными узами сотрудничества и взаимопонимания. Этот факт в биографии того и другого не имел отношения к церковной реформе, которую проводил Никон, однако после опалы последнего псковский эпизод Ордину-Нащокину еще припомнят…
Факты бесцеремонного вмешательства патриарха в государственные дела, очевидные для окружающих, Алексей Михайлович предпочитал не замечать, более того, шел ему навстречу. Никон, в частности, убедил царя в необходимости упразднить Монастырский приказ «за ненадобностью». Подписал царь и «несудимую грамоту», по которой монастыри освобождались от уплаты налогов. Он оставался глух ко многим фактам самоуправства, грубости, высокомерия, вызывающим не только у церковной верхушки, но и у правящего светского сообщества недоумение и скрытый протест. Сам того не замечая, Никон настраивал против себя все больше представителей правящей элиты. Кто-то с иронией, а кто-то и со злостью комментировал поведение патриарха. Боярин Роман Боборыкин в своем доме выдрессировал собачку, которая при команде «Никон» замирала на задних лапах, передние сложив крест-накрест в почтительной позе. Когда до Никона дошли слухи о подобном непочтительном отношении к себе, последовала реакция — Боборыкин был отлучен от церкви.
Тем не менее государственные дела, обстоятельства внешнего порядка отодвигали эти противоречия на задний план. В 1654 году обострилась военно-политическая обстановка на Украине и западных границах Руси. Решение Переяславской рады о воссоединении с Русью спровоцировало нападение на Украину польско-литовского войска. Московии пришлось вступить в войну. Военный поход 1654 года возглавил сам царь Алексей Михайлович, оставив на хозяйстве в столице патриарха. Благоприятный на первых порах ход военных действий побудил Алексея Михайловича предпринять второй поход, где удача оказалась уже не на стороне русского царя. В роли вдохновителя неудачного похода на Швецию, благословившего войско с триумфом дойти до Стокгольма, выступал не кто иной, как Никон. Поход захлебнулся на подступах к Риге, и Алексей Михайлович вернулся из него с затаенным желанием дистанцироваться от «собиного друга». Принято считать, что причиной тому были поступающие к царю многочисленные жалобы на произвол, самоуправство патриарха, его вмешательство в светские дела. Обиды на его заносчивость доносились и из царской семьи.