30 мая на Корфу прибыл отряд вице-адмирала Пустошкина, ознаменованного взаимным салютом по 7 залпов, а 2 июня – отряд вице-адмирала Карцова. Ушаков докладывает об этом Павлу, сообщая притом, что готовит к переброске на Мальту войска, князь Волконский должен быть там комендантом, а большая часть кораблей готовится к переходу в Россию для ремонта. В письме Томаре от 8 июня адмирал подчеркивает: «Корабли и фрегаты наши пойдут со мною. И когда возвращаться я буду в черноморские порты, служителей наших, с ескадры в островах ныне находящихся, никого не могу здесь оставить, и все они пойдут со мною. Только разве ежели ескадра кораблей и фрегатов останется при Мальте, может быть из нее разве один или два фрегата, ежели обстоятельства позволят, могут быть при Корфу, но и то разве один фрегат». Зададимся снова риторическим вопросом, это ль оккупация?! 19 июня он подчеркивает тому же адресату, что ожидает указания Павла насчет Мальты и эвакуации русских с Ионических островов: «Крайнее сумнение имею я, как оставить острова, прежде бывшие венецианские; по прежним высочайшим повелениям должно всех служителей наших снять до одного, на оные отмены еще никакой не получил и нетерпеливо ожидаю, что последует».
11 июня адмирал вызывает из Неаполя отряд Сорокина, потому что «…предуведомить вас должен я: непременно вам должно везти войска из Корфу в Мальту. Сие вам означаю по секрету», и повторно торопит его 23-го числа. Зверства Али-паши Янинского и Мустафы-паши Дельвинского по отношению к албанским христианам, которых режут и берут в плен даже во время богослужений, вынуждают Ушакова 20 июня (после безуспешных посланий упомянутым пашам, а также турецким чиновникам и русским дипломатам) открыто грозить пашам вооруженной защитой угнетаемым христианам Албании. Усилия адмирала не остались тщетными – султан Селим взял под личное покровительство христиан Албании. Тут же и остров Занте успокоился.