Столпы входили в так называемый постоянный совет вместе с Великим магистром, его лейтенантом, епископом и рядом приоров и бальи, поэтому по закону четыре столпа из семи (восьми) всегда должны были находиться на острове, а покидать его могли только с разрешения капитула при условии назначения заместителя – лейтенанта. Совет подчинялся Генеральному капитулу – общему собранию ордена, являющемуся (по крайней мере, официально) высшей исполнительной властью. Капитул созывался Великим магистром регулярно, обычно раз в 5-15 лет, кроме того капитул собирался по важнейшим экстренным случаям – в частности, когда умирал магистр или начинались военные действия.
Существовали и более мелкие должности – вроде магистра по ослам и т. д., причем их могли занимать не только латиняне, но и греки.
Местная администрация была представлена командорствами и объединявшими их прецепториями. Во главе командорств стояли командоры или кастеляны (если командорством являлся замок), назначаемые приором и платившие налоги в прецепторию. Главами последних были приоры, передававшие собранные доходы дальше, в орденское казначейство.
Структура самого ордена особых изменений со времен пребывания на Святой земле не претерпела.
По-прежнему рыцарями были дворяне, причем они должны были доказать свое благородное происхождение от обоих родителей на протяжении нескольких, иногда довольно многих поколений (в каждом «языке» были свои правила – от немцев требовались метрики на 16 поколений, испанцам и итальянцам хватало четырех). Орден оставлял за собой право отправить на родину кандидата тайную проверочную комиссию. Иногда, по ходатайству папы или орденского капитула, в состав рыцарей мог быть принят сын дворянина и простолюдинки. Капелланы происходили как из знати, так и из свободного простого народа, а оруженосцы (сардженты) должны были быть потомками свободных людей.