18 мая 1565 г. на Мальту прибыл вражеский флот из 193 кораблей с более чем тридцатитысячным войском под предводительством Мустафы и Пиали (Тургут пока задерживался). Историк мирового пиратства Ф. Архенгольц так описывает турецкое войско и его состав в своей работе «История морских разбойников Средиземного моря и Океана»: «6300 янычар, все отборные воины, 6000 анатолийцев, стрелков и копьеносцев, 2500 греков, 13 000 охотников, зависящих от корпуса дервишей и улемов, нечто вроде религиозной корпорации, давшей обет стать под знамена священной войны; наконец 3500 искателей приключений, одетых в львиные и тигровые шкуры и носивших на голове перья орлиные и других хищных птиц, дополняли это страшное сборище и казались эмблемами его зверства». Мальта могла выставить против них приблизительно от 500 до 700 рыцарей, 2600 испано-итальянских воинов и местных мальтийцев-аркебузиров, итого порядка 8500 человек. Как и его славные предшественники, д’Обюссон и л’Иль-Адан, ла Валетт тщательно подготовился к осаде и, более того, в отличие от л’Иль Адана, сумел незадолго до военных действий избавить крепость Мальты от лишних едоков, переправив в Италию многих женщин и детей; оставшиеся доблестно сражались вместе с рыцарями и солдатами. Турки неспешно высадились, не желая ничего предпринимать без Тургута, подобрались к мальтийской городской крепости (Бирге) и располагавшемуся рядом с ней полуострову Сангль с фортом Св. Михаила. Мустафа-паша, желая перевести свой флот в более безопасную бухту, решил сначала взять защищавший ее форт Св. Эльма, чем, собственно, и привел свое предприятие к бесславному концу, избрав с самого начала ложную цель. Он просто не ожидал, что крохотный форт со 120 (или 130) рыцарями и ротой испанцев окажет ему столь долгое и яростное сопротивление и он завязнет там. Прошло немного времени, прибыл Тургут-рейс с 15 кораблями. Мустафа уже жалел об осаде форта Св. Эльма, желая атаковать сам город и крепость Св. Ангела, но Тургут сказал, что стыдно будет отступить без победы над Св. Эльмом. Вся мощь турецкой артиллерии была обращена на его стены, штурм сменялся штурмом; 16 июня был предпринят общий штурм форта, Мустафа и Тургут лично повели на него своих воинов, но малочисленные к тому времени защитники Св. Эльма отбили его. Тут же по окончании приступа, когда турецкие военачальники держали совет, выстрелом из замка Св. Ангела был ранен Тургут, как оказалось – смертельно, и убит ага янычар. Мустафа хладнокровно прикрыл старого пирата плащом, чтоб люди не видели, и продолжил распоряжаться осадой. 21 июня – в день праздника Тела Христова, который магистр велел отмечать, несмотря ни на что, – форт пал, Тургут успел получить известие о его взятии, после чего спокойно умер. Почти все защитники Св. Эльма пали. Ф. Архенгольц пишет: «Мустафа-паша обещал по 4 золотые монеты за каждого живого рыцаря. Жертвы завистливой судьбы, некоторые из них не нашли смерть, которой искали всюду, и о них-то должно пожалеть всего более: они погибли в невыразимых муках. Сохранили только девятерых, которых приковали к гребным скамьям на галере паши. Пять мальтийских солдат спрятались между скалами, ночью бросились в воду и благополучно приплыли в замок Св. Ангела… Мустафа вступил в Сент-Эльм предшествуемый большим знаменем мусульманским, которое развевалось тогда только при вечнопамятных событиях. Но когда увидел ничтожность своего завоевания, когда увидел трупы христиан, покрывавшие развалины, то он постиг трудности, еще предстоящие ему, и воскликнул: „Чего не должны мы ожидать от матери, дитя которой останавливало нас так долго!“ Неверные обесчестили свое торжество ужаснейшим бесчеловечием, и Мустафа приказал предать в своем присутствии пытке пленных рыцарей. Одних убивали тупыми стрелами, другим, повешенным за ноги, распарывали живот, вырывали внутренности и отрубали руки. Даже мертвые не были пощажены: им отрубали головы, а на туловищах делали на спине широкие разрезы в виде креста, потом со скрещенными руками привязывали их к шестам и бросали в море в надежде, что волнение отнесет к прибрежью города эти грозные свидетельства страшной мести». По разным данным, турки потеряли при осаде форта Св. Эльма от 4000 до 10 000 человек, христиане – 1200 либо 130 рыцарей и 1300 солдат. «Вскоре, – продолжает Архенгольц, – изуродованные тела рыцарей, брошенные в море, были прибиты к подошве стен замка. При этом зрелище все были объяты ужасом, но Жан де ла Валетт, сошедши сам на берег, наблюдал за тем, чтобы останки этих героев были приняты с почтением и похоронены со всеми воинскими почестями, после чего, обратясь к толпе, дал ей понять, что такова будет участь всех, которые дадут взять себя в плен турками».