Не обошла силовые структуры и такая болезнь российского общества, как преступность. В 1997 году около 3,5 тысячи военнослужащих различных силовых ведомств (из них 1791 военнослужащий ВС РФ) отбывали наказание в дисциплинарных батальонах. В сферу преступной деятельности все более втягивались офицеры и прапорщики. По данным Главной военной прокуратуры, у нее в производстве находились уголовные дела на 17 российских генералов.
Задержки с выплатами денежного содержания по-прежнему составляли три-четыре месяца.
Не находила своего разрешения острейшая социальная проблема — жилищная. В Вооруженных силах насчитывалось более 146 тысяч семей, нуждавшихся в обеспечении жилой площадью, в том числе почти 100 тысяч — бесквартирных. Кроме того, из закрытых военных городков подлежали переселению с занимаемых служебных площадей 81,6 тысяч семей граждан, утративших связь с министерством обороны. По данным Госкомстата России, на начало 1997 года 158,8 тысячи семей военнослужащих, уволенных из вооруженных сил, ожидали получения жилья по выбранному месту жительства. Особой остротой отличалась ситуация с обустройством в Северо-Кавказском регионе выведенных из Чечни российских военных частей. Сокращение численности вооруженных сил в рамках реформирования еще более обострит проблему обеспечения жильем бесквартирных военнослужащих.
Планировавшаяся правительством реформа социальной сферы должна была затронуть и социальные гарантии военнослужащих, сократив или урезав имевшиеся льготы. Офицеры в открытую обсуждали свои действия в данной ситуации. Масла в огонь подливали подметные письма и агитки, которые распространялись в воинских частях, Министерстве обороны и Генеральном штабе. Набирала силу идея созыва всеармейского офицерского собрания, на котором предполагалось предъявить правительству экономические и политические требования.
Армия, испытывавшая финансовые проблемы и большой некомплект личного состава срочной службы, катастрофически теряла свою боеспособность и становилась опасной для общества. Офицеры-летчики горько шутили: это хорошо, что нет керосина для штурмовиков, а то какая-нибудь отчаянная голова долетела бы до Кремля — рассказать, что происходит в войсках.
Неспособность государства содержать силовые структуры и всю инфраструктуру национальной безопасности на надлежащем уровне, их несоответствие современным задачам, изменившаяся геополитическая обстановка настоятельно требовала проведения в России военной реформы, составной частью которой должно стать реформирование вооруженных сил.
Первые реальные шаги в этом направлении были сделаны руководством страны в конце мая — июне 1997 года. При Совете обороны появились две новые комиссии. Одну из них — по военному строительству — возглавил премьер-министр В. Черномырдин, вторую — по финансовому и экономическому обеспечению военной реформы — возглавил первый вице-премьер А. Чубайс.
Однако функции этих комиссий создали своеобразный «реформенный котлован», в который попадали не только непосредственно вооруженные силы, но и все силовые структуры, в том числе МВД и Федеральная пограничная служба. Возникал вопрос об отсутствии единого руководства: как можно строить армию, не определив, сколько выделено средств, и наоборот — как определять размеры ассигнований, не имея планов строительства! Эксперты считали, что было бы целесообразнее иметь одну комиссию с двумя рабочими группами и под общим управлением.
В ходе встречи 9 июня с президентом страны новый министр обороны И. Сергеев представил предложения по «первому этапу реформы Вооруженных сил РФ», согласно которым предполагалось существенно изменить организационно-штатную структуру вооруженных сил и сократить их количественно.
В соответствии с предложениями, реорганизованные вооруженные силы будут иметь трехвидовую структуру вместо тогдашней пятивидовой: Силы общего назначения, Силы ядерного сдерживания и Силы воздушной обороны. Предполагалось, что постреформенные ВС России к 2005 году будут насчитывать около 850 тысяч человек с промежуточной цифрой сокращения с тогдашних 1 миллиона 700 тысяч человек до 1 миллиона 200 тысяч к 2001 году.
В предлагавшемся И. Сергеевым варианте структуры ВС главкомы ВВС, ПВО и ВМФ могли лишиться своих должностей. В связи с этим группой высокопоставленных генералов проталкивалась другая идея. Соглашаясь на трехвидовую структуру, они предлагали создать виды вооруженных сил с разделением по принципу суша — море — воздух. Открытым сторонником такого варианта являлся главком ВВС П. Дейнекин.
Брожение идей и вариантов свидетельствовало о наличии противостояния отдельных групп в высшем руководстве вооруженных сил, связанного с незавершенностью концепции строительства ВС, отсутствием гласности в ее разработке. Подтверждением тому было явно запоздалое намерение министра обороны и начальника Генштаба заслушать главкомов всех видов и родов войск с целью получения объективных сведений о перспективах реформирования ВС.