Осенью 1938 года Серебрянского отозвали из Франции и 10 ноября вместе с женой арестовали в Москве у трапа самолета на основании ордера, подписанного Берией. До февраля 1939 года содержали под стражей без санкции прокурора. В ходе следствия, которое вел будущий министр МГБ Абакумов, а на более поздней стадии — следователи Соломон Мильштейн и Петр Гудимович, Серебрянского подвергали «интенсивным методам допроса». На протоколе одного из допросов имелась личная резолюция Берии: «Тов. Абакумову! Хорошенько допросить!».
7 июля 1941 года Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Серебрянского по обвинению в шпионаже в пользу Великобритании и Франции, связях с «заговорщиками» из НКВД во главе с Ягодой и подготовке терактов против советских руководителей к расстрелу, а его жену — к 10 годам лагерей «за недоносительство о враждебной деятельности мужа».
В августе 1941 года, в связи с начавшейся войной, благодаря ходатайству Судоплатова и вмешательству Берии, Серебрянского амнистировали и восстановили в органах НКВД и партии, он руководил разведывательно-диверсионной работой в Западной и Восточной Европе. В мае 1946 года вышел на пенсию по состоянию здоровья. В мае 1953 года по приглашению Судоплатовым перешел на работу в центральный аппарат МВД, бывший НКВД, куда Судоплатов брал своих выживших в чистках товарищей по службе в разведке. В июле 1953 года его уволили из МВД, 8 октября 1953 года арестовали и приговорили к 25 годам заключения. 30 марта 1956 года Серебрянский скончался в Бутырской тюрьме во время очередного допроса.
Допрашивавшего Серебрянского в 1938–1939 годах генерал-лейтенанта Мильштейна арестовали в июле 1953 года и в январе 1955 года расстреляли. Гудимовича отправили в отставку в 1953 году.
Наум Эйтингон с 1917 года, как и Блюмкин, был членом партии левых эсеров. С 1920 года служил в ВЧК. Вступил в партию большевиков. По окончании в 1924 году восточного отделения Военной академии РККА работал в ИНО ОГПУ сначала в Китае (1925). В 1927–1929 годах был вице-консулом Генерального консульства СССР в Харбине. В 1929 году откомандирован в Турцию, где находился в то время высланный из СССР Троцкий. В 1930–1932 годах служил помощником Серебрянского в Управлении специальных операций, затем — руководителем секции нелегальных операций ИНО ОГПУ. В 1936–1938 годах был заместителем резидента советской разведки в Испании Александра Орлова.
Занимался организацией шпионских и диверсионных операций за рубежом, в том числе убийством диктатора Северного Китая и Маньчжурии Чжан Цзолиня, похищением видных участников белого движения генералов А. П. Кутепова и Е. К. Миллера во Франции, убийством «тройного агента» Н. В. Скоблина в Испании, вывозом в СССР испанского государственного золотого запаса[226]
и убийством в Мексике Троцкого.С июля 1941 года Эйтингон стал заместителем начальника 4-го Управления НКВД и начальника Особой группы (Судоплатова) при наркоме внутренних дел Берии. В то время 4-е Управление НКВД и Особая группа занимались в основном разведкой, террором и диверсиями в тылу противника. С 1945 года Эйтингон — заместитель начальника отдела «С» НКВД (позже НКГБ) СССР, который отвечал за сбор и обобщение разведданных по созданию ядерного оружия.
В послевоенные годы Эйтингон возглавлял операции по уничтожению антисоветских партизан, проводимые советским правительством против «лесных братьев» в Литве и Западной Белоруссии, был организатором убийств деятелей украинского национального движения. В октябре 1951 года его арестовали по «делу о сионистском заговоре в МГБ» вместе с Питоврановым. После смерти Сталина освободили по ходатайству Судоплатова и он дальше служил в системе МВД СССР, как и Серебрянский. С мая 1953 года — заместитель начальника 9-го отдела МВД СССР. В августе 1953 года его вновь арестовали как члена «банды Берии» и приговорили к 12 годам заключения. Освобожден в 1964 году. Работал старшим редактором в издательстве «Международная книга». Умер в 1981 году.
Павел Судоплатов с октября 1933 года работал в ИНО ОГПУ. Помимо русского, свободно владел только украинским языком и стал специализироваться на украинских националистах. В 1935 году Судоплатову удалось внедриться в ближайшее окружение руководителей ОУН в Берлине и 23 мая 1938 года по личному приказу Сталина ликвидировать лидера украинских националистов Евгения Коновальца, передав тому в ресторане роттердамской гостиницы «Атланта» замаскированную под коробку конфет бомбу.