9 марта 1953 года состоялись похороны Сталина. Стоявший на мавзолее Берия, указывая на гроб с телом «хозяина», сказал находившемуся рядом Молотову: «Это я его убрал, я всех вас спас». На следующий день Маленков в ходе заседания президиума ЦК партии заявил: «Считаем обязательным прекратить политику культа личности». Так что идея разоблачения культа личности уже мертвого Сталина исходила, видимо, не от Хрущева, а от Маленкова. Хрущев же в тот момент больше всего боялся стать жертвой очередной чистки, проводимой Берией: «Как только Сталин свалился, Берия в открытую стал пылать злобой против него. И ругал, и издевался над ним. Просто невозможно было его слушать!» — вспоминал много позже Хрущев о том, как вел себя Берия по отношению к умирающему Сталину.
Существует много свидетельств того, что Берию «арестовали» без санкции прокуратуры, не предъявив ему обвинений, и убили прямо во время задержания. Генерал-майор в отставке, бывший главный государственный санитарный врач СССР, академик российской Академии медицинских наук Петр Бургасов, с начала 1950-х входивший в состав группы ученых, участвовавших в разработке средств защиты от оружия массового поражения (ОМП) и находившийся в непосредственном подчинении Берии, под руководством которого в СССР велись разработки ОМП, вспоминал о дне ареста Берии:
В 12:30 [26 июня 1953 года] я поднимался из буфета к себе на этаж, и вдруг по лестнице мимо меня, мрачнее тучи проносятся министр боеприпасов СССР Борис Львович Ванников и сын Берии Серго — они меня даже чуть не сбили. Это было невероятно, чтобы Ванников не остановился и бежал по лестнице. Да и сын Берии никогда у нас днем не появлялся. Что-то случилось. Позже Ванников вернулся один, без Серго. Я был с Борисом Львовичем в хороших отношениях, мне хотелось знать, что произошло, и я зашел к нему в кабинет. А он сидит, опустив голову на стол. Потом поднимает голову и говорит мне: «Нашего шефа, Лаврентия Павловича Берии, больше нет. Его сегодня расстреляли в собственной московской квартире. Я только что там был…» И рассказывает, что сыну Берии Серго позвонил один из военных, сообщил, что дом его отца окружен солдатами. Ванников и Серго срочно туда поехали. Возле дома Берии стояли военные машины, по территории ходили вооруженные автоматчики. К Ванникову подошел капитан и сказал, что пятнадцать минут назад из дома были вынесены носилки с мертвым телом, закрытым плащ-палаткой. Стекла в кабинете Берии разбиты автоматными очередями.
Вот что вспоминал сын Лаврентия Берии Серго:
Заседание в Кремле [26 июня 1953 года] почему-то отложили, и отец уехал домой. Обычно он обедал дома. Примерно в полдень в кабинете Бориса Львовича Ванникова, генерал-полковника […] ближайшего помощника моего отца по атомным делам, раздался звонок. Я находился в кабинете Бориса Львовича — мы готовили доклад правительству о готовности к испытаниям. Звонил летчик-испытатель Амет-Хан Султан, дважды Герой Советского Союза. С ним и с Сергеем Анохиным, тоже Героем Советского Союза, замечательным летчиком-испытателем, мы в те годы вместе работали и сошлись близко.
— Серго! — кричит, — у вас дома перестрелка. Ты все понял? Тебе надо бежать, Серго! Мы поможем…