Одним из важнейших документов собора была конституция о священной литургии, в которой признавалось полезным прибегать в литургии к местным языкам, не требовалось единообразия ритуала и разрешалось вводить в литургию элементы местных обычаев.
Собор принял специальный декрет о миссионерской деятельности церкви, который предусматривал некоторые изменения в формах миссионерской деятельности. В нем говорится о целесообразности сотрудничества католической церкви с другими христианскими церквами в миссионерской области.
На заключительном заседании собора 7 декабря 1965 г. папа Павел VI отменил буллу об отлучении от церкви константинопольского патриарха Михаила Керулария, которую папский легат в 1054 г. положил на алтарь церкви Св. Софии в Константинополе, что послужило тогда началом официального разрыва церкви Востока с Ватиканом. 7 декабря 1965 г. в кафедральном православном со боре Стамбула была проведена церемония отмены анафемы, которой в ответ на отлучение константинопольского патриарха церковный совет в Константинополе предал папских легатов, обвинив Рим в извращении веры.
Принятая собором декларация «О религиозной свободе» свидетельствовала о новых веяниях в католической церкви. Вместе с тем в этом документе подчеркивалось, что признание религиозной свободы не меняет учения католицизма о единственно истинной религии и единственно истинной церкви.
Одним из наиболее важных документов Второго Ватиканского собора является пастырская конституция «О церкви в современном мире», в которой сформулирована позиция католической церкви по широкому кругу вопросов — экономики, народонаселения, международных отношений, войны и мира, атеизма, науки и культуры. Впервые в истории католической церкви собор утвердил документ, определяющий отношение церкви к современному миру и некоторым его сложным проблемам. Конституция провозглашает социальную справедливость, но не требует ликвидации эксплуатации человека человеком и классового неравенства. В этом документе подчеркивается, что миссия церкви религиозная, что она не связана Пи с какой особой формой человеческой культуры, политической, экономической или социальной системой.
Много внимания уделено в конституции проблемам культуры и науки. Церковь вынуждена изменить свое отношение к науке. Признавая значение науки и искусства и выступая за сотрудничество с наукой, конституция провозгласила, что существуют две категории сознания — вера и разум.
В главе конституции «О социально-экономической жизни» высказывается немало критических замечаний по адресу капитализма, отмечается наличие социального неравенства: роскоши одних сопутствует нищета других. Признавая необходимым ликвидировать социально-экономическое неравенство, конституция в то же время настаивает на сохранении частной собственности, хотя и оговаривает при этом, что законность частной собственности не идет вразрез с законностью государственной и общественной собственности и допускает при условии «справедливой компенсации» передачу материальных благ в государственную собственность.
В конституции признается право рабочих создавать свои ассоциации, а также в качестве крайнего средства право на забастовки.
Пастырская конституция «О церкви в современном мире» осуждает войну и призывает сохранять мир. Применение атомного оружия угрожает неисчислимыми бедствиями и приведет к варварству, говорится в конституции. Действия, направленные против принципов международного права, собор признал преступлением. Как преступление осудил собор тотальную войну, рассчитанную на разрушение стран и уничтожение населения, и призвал государственных деятелей осознать свою ответственность перед богом и человечеством. Осудил собор и гонку вооружений.
Таким образом, надежды религиозной реакции на то, что Второй Ватиканский собор превратится в антикоммунистический форум, не оправдались. Собор отклонил предложение, внесенное рядом церковных иерархов, об осуждении коммунизма и о принятии декларации против коммунизма.
Инициатор созыва Второго Ватиканского собора Иоанн XXIII принимал участие лишь в первой сессии. Остальные три сессии собора происходили под руководством папы Павла VI, завершившего дело, начатое его предшественником на папском престоле Иоанном XXIII. Зарубежная церковная печать называла Иоанна XXIII «папой аджорнаменто» (папой, который начал процесс модернизации католической церкви), а Павла VI — «послесоборным папой».