В 1533 г. после смерти Фредерика I власть в течение года находилась в руках узкого круга знати; Дания временно превратилась в аристократическую республику. Бюргеры Копенгагена и Мальме, недовольные возвышением знати, призвали в Данию наемные войска Любека. Началась «Графская распря». Одновременно против засилья аристократии восстали крестьяне Ютландии. «Графская распря» окончилась победой лютеранина Кристиана III, наследника Фредерика I. Крестьянское восстание было жестоко подавлено, после длительной осады сдался и Копенгаген, анти-дворянские силы были разбиты. Вступив в столицу, Кристиан III арестовал епископов-католиков. Решение риксдага, собравшегося в октябре 1536 г. в Копенгагене, было компромиссом короля с дворянством: Государственный совет сохранил свое прежнее положение, дворяне — свои старые привилегии, бюргеры и крестьяне лишались права покупать дворянские земли. По предложению короля была проведена и лютеранская Реформация. Церковную десятину отныне должны были платить королю.
Согласно решению риксдага 1536 г., Государственный совет, представлявший дворянскую знать, контролировал государственное управление и утверждал наиболее важные законодательные акты короля. Без согласия Совета король не имел права объявлять войну и заключать мир. Важнейшим рычагом в руках знати была выборность короля (до 1660 г.), причем решающее слово и здесь имел Государственный совет. Хотя, при избрании учитывалась наследственная преемственность, новый король должен был подписывать жалованную грамоту, нередко связывавшую его по рукам и ногам. Победа Кристиана III в «Графской распре» особенно дорого стоила Норвегии, которая боролась на стороне его противников. В 1536 г. Норвегия потеряла статус государства, находящегося в унии с Данией, и превратилась в датскую провинцию. Проведение Реформации в Норвегии не было подготовлено ее предшествующим общественным развитием. Реформация сверху была проведена в интересах датского короля и датского дворянства. Если в Швеции и Дании Реформация привела к переходу богослужения и школьного образования на национальные языки, то в Норвегии языком богослужения и официальным языком управления стал датский.
В 1560-е годы в Швеции начался новый этап внутриполитической борьбы. После смерти Густава I Вазы королем стал его сын Эрик XIV. Младшие сыновья Густава I Вазы в качестве наследственных владений получили герцогства, не подчинявшиеся королевской администрации, что могло привести к феодальной раздробленности страны и находилось в противоречии со стремлением Эрика XIV укрепить монархию. На риксдаге 1561 г. сословия поддержали короля и приняли так называемые арбугские статьи, определявшие отношения между королем и герцогствами и сильно уменьшавшие права и привилегии герцогов. Статьи гласили, что распоряжения короля имеют силу и для герцогств, подданные герцогств являются также и подданными короля и должны платить ему налоги. Без разрешения короля герцоги не имели права начать войну, заключать мир и вести переговоры с представителями иностранных государств. Герцоги должны были оказывать королю помощь в войнах под его командованием.
Эрик XIV создал пышный королевский двор, были введены новые титулы для знати — граф и фригерр. Стремясь возвысить королевскую власть, Эрик XIV преодолевал сопротивление знати, не останавливаясь перед конфликтами с герцогами. Недовольство знати вызвала политика короля по укреплению боеспособности дворянской конницы: под страхом штрафов король строго требовал участия в военных сборах. А когда при поддержке риксдага король ликвидировал герцогство Финляндское, его брат герцог Финляндии Юхан возглавил мятеж высшего дворянства и вскоре стал королем. Свергнутый с престола Эрик XIV был заточен в за мок Грипсхольм и через несколько лет отравлен.
Вступление Юхана III на шведский престол означало новое укрепление феодальной знати. Король обязался не назначать на высшие государственные должности людей низкого происхождения. В грамоте, пожалованной шведскому дворянству в июле 1569 г., среди прочих привилегий было провозглашено освобождение дворянских крестьян от участия в строительстве и ремонте королевских замков, от рекрутских наборов и гужевой повинности. Дворяне получили возможность усилить эксплуатацию своих крестьян. Был проведен в жизнь принцип сословного судопроизводства, уменьшены воинские повинности дворян и признано их право торговать продукцией своих владений. Еще большие привилегии получили графы.
Положение податных сословий ухудшалось вследствие почти непрерывных войн, постоянно увеличивались и расходы на содержание пышного двора. Новые конфликты вызывало усиление влияния католиков из свиты королевы — польской принцессы. Юхан III ввел новую форму богослужения, близкую католической мессе, и выразил готовность перейти в католичество, если папа разрешит мессу на шведском языке, а священники получат право вступать в брак.