Внутриполитическая борьба в Швеции особенно осложнилась после того, как в 1587 г. наследник шведского трона Сигизмунд был избран королем Польши; в 1592 г. после смерти своего отца он стал и королем Швеции. В.1593 г., еще до прибытия Сигизмунда в Швецию, церковный собор в Упсале отменил все прокатолические нововведения Юхана III. Официально было принято «Аугсбургское исповедание», т. е. ортодоксальное лютеранское вероучение. В стране образовались три политические группировки, борющиеся между собой: король со своими чиновниками и поддерживавшими его прелатами католической церкви; шведское высшее дворянство во главе с Государственным советом, желавшее, чтобы Совет реально правил от имени короля; и оппозиционная группировка из мелкого дворянства, бюргерских слоев, лютеранских священников и крестьянского сословия, представленных в риксдаге, во главе с младшим сыном Густава Вазы — герцогом Карлом, оказавшимся победителем. Штатгалтеры, назначенные Сигизмундом, были сняты (в Финляндии — при вмешательстве военной силы), ряд членов Государственного совета арестован, Сигизмунд лишен шведского престола. В 1600 г. Карл был избран правителем, а в 1604 г. стал королем Карлом IX. Вместо старого аристократического Государственного совета Карл IX назначил новый, в основном из мелких дворян, утвержденный риксдагом. В 1604 г. риксдаг ограничил права держателей коронных земель, лишив их права продажи земель и отдачи их в залог; эти земли наследовались лишь по прямой мужской линии, право на них подтверждал каждый новый монарх.
После смерти Карла IX в 1611 г. феодальная аристократия попыталась восстановить утраченные позиции. Семнадцатилетний наследник престола Густав II Адольф был признан совершеннолетним ценой уступок знати. При нем Государственный совет, снова ставший органом знати, приобрел существенное влияние. Во главе правительства стоял молодой и способный канцлер Аксель Оксеншерна. В 1612 г. шведскому дворянству были даны новые привилегии, значительно шире привилегий 1569 г. Однако при Густаве II Адольфе Швеция не превратилась в аристократическую монархию во главе с бессильным государем. Король получил хорошее образование, был способным администратором и полководцем. Его отношения с верхушкой дворянства давали ему возможность сохранять в своих руках значительную власть. Он искусно противопоставил риксдаг Государственному совету.
Укреплению королевской власти способствовало и переустройство государственных учреждений. Важнейшим из них стала канцелярия, реорганизованная в 1612 г. Особое значение приобрела камер-коллегия (казначейство); ее основной задачей было увеличение доходов государства и обеспечение нормального функционирования государственных учреждений.
Высшим судебным органом стал созданный в 1614 г. придворный суд в Стокгольме. В новый государственный аппарат вошли также военная и военно-морская коллегии. Для усиления контроля над местной администрацией — фогтами — в каждую из 11 исторических провинций-ленов были назначены наместники-губернаторы.
В социально-экономической жизни страны влияние знати росло. За государственную и военную службу Густав II Адольф щедро раздавал дворянству государственные земли, что в конечном счете подрывало положение королевской власти. Соотношение сил резко изменилось в пользу знати после гибели Густава II Адольфа в Тридцатилетней войне (ноябрь 1632 г. к При шестилетней королеве Кристине было образовано опекунское правительство из представителей высших государственных учреждений. Всемогущим правителем Швеции стал канцлер Аксель Оксеншерна (умер в 1634 г.), политику которого в интересах знати продолжали его преемники, а затем и королева Кристина (1644–1654). Раздача коронных и государственных (податных) земель, увеличение налогов, ухудшение положения крестьянства, притеснение бюргеров и мелкого дворянства, а также критическое состояние государственных финансов вызвали в середине XVII в. глубокий социально-политический кризис.
В Дании процесс укрепления позиций дворянства шел без острого сопротивления со стороны других сословий, так как их силы были уже сломлены. По законодательству середины XVI в. дворянство стало единственным свободным сословием. Дела дворян разбирались лишь в королевском суде. Крестьянин, скрывший при уплате десятины часть своих доходов, считался виновным в воровстве, и ему грозила смертная казнь. Дворяне были освобождены от уплаты этой повинности. Для сохранения платежеспособности крестьян было запрещено изгонять держателей с хуторов, если они выполняют свои повинности в срок.
Во второй половине XVI — начале XVII в. новых острых конфликтов королевской власти с дворянством уже не возникало, хотя король Фредерик II (1559–1588) воевал против Швеции в Северной семилетней войне, что привело к оскудению государственной казны и опустошению датских провинций на Скандинавском полуострове.