Существенным моментом, предопределявшим направленность правительственной политики и преобразований государственного аппарата в России во второй половине XVI в. и особенно в XVII–XVIII вв., был невиданный в других регионах Европы той поры размах классовой борьбы, и прежде всего участия в ней крестьян. Причины ее — преимущественное особенностях экономического и социально-политического развития России того времени. Имели место не только городские восстания (в середине XVI и особенно в середине XVII в.), в определенной мере сближающиеся с антиналоговыми движениями и выступлениями против ненавистных правительственных деятелей в Западной Европе, или отдельные более или менее значительные крестьянские волнения, но и грандиозные антифеодальные и антикрепостнические войны. Если в первой из них (в начале XVII в.) состав участников был еще сравнительно пестрым и включал даже дворян, затем изменивших восстанию, то в войне под руководством Степана Разина (конец 1660-х — начало 1670-х годов) все лица, принадлежавшие к господствовавшим классам, с самого начала противостояли восставшим.
Первичными очагами таких массовых восстаний обычно становились казацкие поселения на южных и юго-восточных окраинах государства, где объединялись многие беглые крестьяне, холопы, ремесленники. Казаки несли необходимую государству сторожевую пограничную службу, но в то же время старались противопоставить себя централизованному государству, лелея мечту о мужицком «царстве» с «хорошим» царем. Зародившиеся в их среде волнения перерастали в крестьянские войны, в которых участвовали и горожане. Наивная вера в «доброго царя» обусловила поддержку идеи самозванства, особенно популярную в России XVII–XVIII вв.
Существенные предпосылки государственно-политического строя, утвердившегося в середине XVI в., обнаруживаются еще в годы преобразований при Иване III. Складывается постоянно действующий при государе совет — Боярская дума. Дворцовое управление все в большей мере отделяется от общегосударственного, хотя еще и во второй половине XVI в. в представлении самих монархов государственное и собственно «государево» нередко смешивались и Иван Грозный склонен был, подобно своим предкам, рассматривать государство как свою вотчину. Постепенно начинают оформляться отдельные отрасли центрального управления с ответственными «судьями» и делопроизводителями — дьяками и подьячими. В системе местного управления упрочивается положение посылавшихся в ранее самостоятельные земли великокняжеских наместников и подведомственного им аппарата. Однако единого для всей территории государства принципа административного устройства еще не знали, а присланные на определенный срок администраторы получали от местного населения «корм», как принято было и в древнерусских княжествах. Это давало возможность для произвола кормленщиков-бояр и становилось поводом для недовольства населения. Единообразию системы суда и управления, особенно в центре, во многом содействовал первый крупный общерусский закон (по существу даже свод законов) — Судебник 1497 г., который «уложил» Иван III «с детьми своими и с бояры о суде, как судити бояром и околничим». Судебником были установлены единые для всей территории государства процедуры следствия и суда, нормы наказаний.
С конца XV в. особенно ощутимым становится наступление великокняжеской власти на привилегии бывших удельных князей, хотя княжеские корпорации на территориях бывших самостоятельных княжеств кое-где сохраняются еще в середине XVI в.
В первой половине XVI в. идет процесс слияния разных групп феодалов — исконных московских и из различных дворов (рязанского, тверского, удельных) — в единый Государев двор. Именно оттуда с середины XVI в. вербовались особо приближенные к государю лица.
Постепенно получает все возрастающее распространение поместная система — система раздачи государством земель под условием несения службы (военной или административной). Помещики зависели, как правило, непосредственно от великого князя и уже тем самым противостояли вассалам крупных феодалов. Организация поместной системы обеспечила и возможность укрепления постоянной армии, необходимой московским государям в период частых столкновений и даже длительных войн с соседними государствами. Разница между размерами вотчин и поместий постепенно делается все менее заметной. Многие становятся обладателями и вотчин и поместий, притом в разных уездах. Во второй половине XVI в. было не менее 25 000 годных военнообязанных служилых людей. Большинство их называли тогда «детьми боярскими»; затем распространено стало общее название — «дворянство». Первоначально дворянами называли лишь тех, кто входил в состав «государева двора».