Боярская дума не имела раздельной от монарха самостоятельной компетенции. Наряду с вопросами общегосударственной важности (проекты новых законов, внешние сношения) Дума рассматривала дела о земельных пожалованиях и служебных назначениях, о всех, даже мелких, нарушениях закона. Для решения различных дел создавались комиссии, постановления которых приравнивались к решению Думы. Обычно основные вопросы обсуждались вместе с монархом («приговор царя с бояры» или «царь указал и бояре приговорили»), иногда и в отсутствие государя, хотя в годы правления Ивана Грозного думцы не осмеливались брать на себя ответственность, предоставляя решение воле государя: для такого случая существовало особое выражение «бояре поговорили». Главную роль в составлении и редактировании постановлений Боярской думы и царских указов, в организации работы канцелярии Думы и подведомственных ей центральных учреждений играли думные дьяки. К середине XVI в. формируется приказная система управления. Приказами (дьячими избами) называли центральные правительственные учреждения с постоянным штатом служащих и определенным бюджетом. Приказная система зародилась, видимо, на рубеже XV и XVI вв. в связи с перестройкой дворцово-вотчинного управления и усложнением системы государственного управления.
Одним из первых приказов стала возглавленная казначеями казна (казенный дом) — хранилище царской вещевой казны (а также архива, библиотеки). Постельный приказ во главе с постельничьим ведал царской спальней, личным архивом царя, лицами, обслуживавшими царскую семью; ловчий и сокольничий — царской охотой и др. Дворцовые учреждения во главе с дворецкими управляли населением отдельных, недавно присоединенных земель (Тверской, Новгородской, Дмитровский и др. дворцы). С середины XVI в. дворцовые крестьяне, принадлежавшие царю и лицам царской фамилии, находились в ведении Приказа Большого дворца. В приказах сосредоточивалось управление отдельными отраслями правительственной деятельности или отдельными территориями; судебная и административная власть были нераздельны. Приказами ведала Боярская дума. Были также приказы дворцовые, а с XVII в. и патриаршие.
Важнейшие приказы — Разрядный, ведавший обороной государства и служебными назначениями, Посольский, ведавший внешними сношениями, и Поместный, в компетенцию которого входили вопросы, связанные с феодальным землевладением. Номинально их возглавлял сам царь, делопроизводством управляли думные дьяки (иностранцы называли их «канцлерами»). Посольские дела входили в компетенцию самого го-сударя, Боярской думы, где создавались особые комиссии для переговоров с послами, Посольского приказа, в ведении которого была и вся документация внешних сношений, лишь частично отраженная в Посольских книгах, Казны, контролировавшей посылку и получение даров, а также Ямского приказа, отвечавшего за обеспечение посольств — и русских и иностранных — лошадьми и кормом.
Число приказов достигло к концу XVI в. 20, к середине XVIIb. — около 60 (постоянных и временных). С присоединением новых территорий создавались новые территориальные приказы (Казанский, Сибирский). Долгое время функции близких по своему назначению центральных учреждений, в частности ведавших финансовыми делами (часть их образовывалась по территориальному признаку), не были должным образом разграничены.
Увеличивалась численность приказных людей — дьяков и подьячих — ив столице и в провинции, где управляли через местные дьячьи избы, так называемые съезжие избы. Приказные люди, как правило, были незнатного происхождения. Дьяки становились обычно землевладельцами и обладателями крепостных, роднились между собой и со знатью; среди возвысившихся к началу XVIII в. дворянских фамилий немало семей именно дьяческого происхождения. Они напоминали французское дворянство мантии и успешно вытесняли дворянство шпаги. Приказная бюрократия принадлежала к правящим слоям общества, признавалась неподатным сословием. Влияние этих лиц на делопроизводство было велико, особенно на местах: наместники и воеводы менялись сравнительно часто, а дьяки прочно занимали свои должности.
Постепенно создается особая система приказного делопроизводства. Статьи Судебников 1497 и 1550 гг., Соборного уложения 1649 г. специально посвящены порядку составления и хранения дел в учреждениях. С ростом населения и дальнейшей бюрократизацией управления во много раз возрастает оборот документов, увеличивается потребность в специалистах по делопроизводству, растет роль приказной бюрократии. К концу XVII в. чин признается выше породы.
Изменения были внесены в систему управления на местах, хотя и там долго не знали единого принципа административного устройства. Богатые вотчинники сохраняли свои иммунитетные права, и долго еще продолжали существовать три основные судебные системы: государственная, церковная и вотчинная.