В уездах (обычно бывших княжествах или самостоятельных землях) назначались на небольшой срок наместники. В выполнении их функций в волостях им должны были помогать волостели. Подвластное, а следовательно, и подсудное наместникам и волостелям население обязано было платить в их пользу «корм» — натуральные и денежные сборы, пошлины (судебные, таможенные и др.). Кормление было и видом службы (в том числе военной), и формой вознаграждения за нее. Система кормлений не могла обеспечить ни подавления противодействия классовых низов феодальному гнету, ни серьезной обороны от внешних врагов. Местные феодалы были недовольны тем, что главную роль в местном управлении играли присланные из центра кормленщики, забиравшие к тому же себе и основную долю доходов.
В XIV, XV и даже в XVI вв. «городом» на Руси называли, помимо городского поселения, и прилегающий к нему уезд; особых органов городского управления не было. Но уже в XV в. появляются должности «Городчиков» из местных землевладельцев, первоначально обязанных следить за состоянием городских укреплений и выполнением военных повинностей местным населением. Скоро они стали исполнителями великокняжеских поручений, затем — называясь уже городскими приказчиками — ведали и финансово-хозяйственными вопросами, подчиняясь непосредственно казначеям. Это подрывало систему кормлений.
С конца XV в. появились и первые органы местного управления, формировавшегося по сословному принципу. С конца 1530-х годов некоторые уголовные дела передаются «выборным» лицам из местных дворян, а в районах, где не было светского феодального землевладения, — из посадских людей или государственных крестьян. В середине 1550-х годов земская реформа уничтожает систему кормлений и вводит земское самоуправление. Дворяне, купцы, зажиточные крестьяне получили возможность использовать в своих интересах новую земскую организацию, закреплялся ее сословный характер и усиливалось вмешательство органов центральной власти (приказов и присылавшихся из столицы воевод и дьяков). Перестройке местного управления на сословно-представительных началах способствовала централизация государственного управления в стране. Расходы двора и армии, расширение аппарата управления требовали увеличения средств. Изменяется система налогообложения: составляются описи земельных владений в городах и сельских местностях, устанавливаются условные податные единицы — сохи, размер которых зависел и от качества почвы, и от социальной категории землевладения. Наиболее выгодным было положение светских феодалов, менее — церковных и монастырских землевладельцев; в наихудшем положении оказались дворцовые и черносошные крестьяне. С необходимостью найти дополнительные источники вознаграждения (прежде всего «испомещения») служилых людей на рубеже XV–XVI вв. связан вопрос о секуляризации монастырских земель. Однако московские государи ограничивались полумерами, пытаясь лишь положить предел дальнейшему расширению монастырского землевладения. В результате такой политики они приобрели в деятелях официальной церкви сторонников в борьбе с крупными светскими феодалами, а также и с «ересями» (иногда и противоправительственной направленности) и обеспечили политическую зависимость верхов духовенства от государей всея Руси.
Излишней самостоятельности, а тем более оппозиционности со стороны митрополита (с 1589 г. патриарха), архиереев и игуменов не терпели ни государи первой половины XVI в., ни Иван Грозный, ни правительство-«семибоярщины» в годы интервенции начала XVII в. В случае противодействия церковных иерархов сменяли и даже умерщвляли (как Филиппа из боярского рода Колычевых, выступившего против опричнины). Но церковная организация, очень богатая и достаточно самостоятельная (со своими администрацией и судом), оставалась пережитком средневековья. Столкновение с ней укреплявшейся монаршей власти было неминуемо, что-и произошло в третьей четверти XVII в.
Идеология «самодержавства» в характерном для XVI–XVII вв. виде оформилась к середине XVI в. Тогда уже утвердилась и соответствующая структура высшей власти.