Война 1499–1504 гг. началась с борьбы за Милан, причем союзницей Франции была Венеция, хотя фактически адриатическая республика воевать с Миланом не смогла, ибо силы ее были отвлечены войной с Турцией (1499–1503 гг.). Это совпадение было не случайным: эмиссарам миланского герцога удалось внушить султану чувство беспокойства в связи с только что заключенным франко-венецианским союзом. По-видимому, Баязид II решил нанести предупреждающий удар, не дожидаясь, пока новая коалиция справится с Миланом и приступит к организации крестового похода. В сентябре 1499 г., когда французская армия приближалась к Милану, турецкие отряды вторглись в пределы Венецианской республики и доходили до Виченцы. Главная же борьба с турками велась на море с переменным успехом и завершилась в 1503 г. миром, по которому Венеция лишилась некоторых портов в Пелопоннесе, но приобрела о-в Кефалинию. Франция, Испания и Венгрия оказывали помощь Венеции; французские корабли в 1501 г. участвовали в неудачной попытке венецианцев овладеть Лесбосом. Турецкое вмешательство не могло, однако, спасти Милан, не получивший помощи от других итальянских государств. В октябре 1499 г. французы взяли город, Людовик XII провозгласил себя миланским герцогом. В феврале 1500 г. герцогу Лодовико Моро удалось было с помощью швейцарских отрядов отбить свою столицу, но в апреле он был окончательно разбит, взят в плен и увезен во Францию.
Настала очередь Неаполя. В ноябре 1500 г. франко-испанский договор окончательно определил условия раздела: Франция должна была получить Неаполь, Кампанию и Абруццы, Испания — Апулию и Калабрию. В 1501 г. союзники вторглись в Неаполитанское королевство и покончили с его самостоятельностью. Однако начались столкновения между французскими и испанскими войсками, переросшие в войну (1502–1504 гг.), неудачную для Франции. К январю 1504 г. испанцы полностью вытеснили французов из Неаполитанского королевства. Таким образом, общим итогом войны 1499–1504 гг. было падение сразу двух крупных итальянских государств: Франция оккупировала Милан, Испания — Неаполь.
Овладев Миланом и Генуей, Франция сразу же взяла курс на сближение с императором, стремясь получить от него инвеституру на Милан и выиграть время для закрепления на захваченных землях. Завязались франко-имперские переговоры о браке между малолетними Карлом Габсбургом (будущий Карл V) и дочерью Людовика XII Клод; французский король обещал — что и было зафиксировано в сентябре 1504 г. Блуаскими франко-имперскими договорами — в приданое за дочерью не только Милан и Геную, но даже Бретань и Бургундию; чтобы наладить отношения с Испанией, он еще раньше обещал при вступлении Клод в брак отказаться от прав на Неаполь. Но Людовик XII не собирался исполнять эти обещания и в 1506 г., когда казалось, что дело идет к разрыву кастильско-арагонской унии, открыто от них отрекся, объявив о помолвке дочери с наследником престола, будущим Франциском I. Однако Блуаские договоры содержали и принципиальное обязательство Франции помочь Габсбургам в их борьбе с вчерашней французской союзницей — Венецией. Они были ратифицированы Максимилианом, и Людовик XII получил от него инвеституру на Милан.
К этому времени успехи венецианской политики восстановили против республики всех ее соседей. Венеция систематически расширяла свои владения во всех направлениях. Овладев в 1495 г. апулийскими портами, она после франко-миланской войны получила Кремону в Ломбардии, а в конце 1503 г. захватила ряд новых опорных пунктов (Римини, Фаэнца и др.) в находившейся под сюзеренитетом папы Романье. У Габсбургов Венеция стремилась отнять их порты на Адриатике, в частности Триест и Фиуме (Риека).
В начале 1508 г. началась имперско-венецианская война, а в декабре 1508 г. франко-имперским договором в Камбре было положено начало антивенецианской коалиции, куда затем вошли также Испания, папа, Феррара, Мантуя. В следующем году открылись общие военные действия, и после разгрома французами венецианского войска у Аньяделло 14 мая 1509 г. казалось, что Венеции придется лишиться всех своих владений на «твердой земле» — Франция оккупировала Восточную Ломбардию с Бергамо и Брешией, имперцы заняли почти всю область Венето. Однако стойкое сопротивление парода чужеземцам спасло республику, которой удалось разъединить своих противников. В 1510 г. с Венецией сепаратно примирились папа, получивший от республики все ее владения в Романье, включая Равенну, и Испания, приобретшая апулийские порты.