5 августа испанцы снова пустились в море и, двигаясь к западу вдоль 10° южной широты, открыли через две недели острова, получившие название Опасных, потом Островов королевы Шарлотты, и остров Солитер (Одинокий), название которого достаточно точно определяет его положение. Вслед за тем флотилия достигла архипелага Санта-Крус (Святой Крест). Менданья долго блуждал по океану в поисках потерянных Соломоновых островов. В пути во время грозы и шторма от флотилии отделился один корабль, судьба которого осталась неизвестной.
Так как дальнейшие поиски Соломоновых островов были уже невозможны, Менданья решил основать колонию на островах Санта-Крус. И в этом месте, как только корабли стали на причал, их окружили десятки лодок с сотнями туземцев. У островитян кожа была очень темной или даже совсем черной. «У всех у них вьющиеся волосы белого, красного или какого-нибудь иного цвета, ибо они красят волосы в разные цвета, а зубы только красной краской. Голова у них наполовину выбрита, на теле набедренная повязка, руки и лицо вымазаны черной блестящей краской с разноцветными полосами; шея, руки и ноги обвешаны несколькими рядами украшений из черного дерева, рыбьих зубов, перламутра и жемчуга. Вооружены они луками с отравленными стрелами, снабженными костяными наконечниками, палицами из очень крепкого дерева и длинными копьями о трех зубцах».
Попытка Менданьи основать, вопреки желанию экипажа, колонию на островах Санта-Крус кончилась весьма плачевно. Среди испанцев вспыхнули раздоры. Матросы, требовавшие возвращения на родину, были сурово наказаны. Когда и эта мера не помогла, Менданья стал искать зачинщиков мятежа и приказал казнить главного подстрекателя. Установившиеся было мирные отношения с туземцами скоро прервались, причем повод для ссоры, как обычно, дали сами же испанцы. На каждом шагу их подстерегали теперь засады и неожиданные нападения туземных воинов. Карательные экспедиции еще более ожесточили местных жителей. В довершение всех бед среди колонистов вспыхнула эпидемия чумы. Жизнь на Санта-Крус с каждым днем становилась для них все более невыносимой. Наконец сам Менданья тяжело заболел и умер 17 октября, передав управление колонией своей жене, донье Изабелле.
Дальнейшее пребывание на островах Санта-Крус в таких условиях было бы безумием. Это поняла даже донья Изабелла, желавшая во что бы то ни стало основать здесь испанскую колонию. Чтобы поправить дело, она решила плыть к Маниле, навербовать там новых колонистов и вернуться с ними на Санта-Крус. Руководство экспедицией перешло к Киросу. В ноябре 1595 года он приказал поднять якоря и, подчиняясь желанию доньи Изабеллы, поплыл к Филиппинам.
Плавание было тяжелым. Чума скосила за месяц еще сорок человек. Властолюбивая донья Изабелла требовала беспрекословного выполнения всех своих приказов, которые шли нередко в ущерб общим интересам. Измученные матросы хотели высадиться на одном из многочисленных коралловых островов, и Киросу с большим трудом удалось их уговорить отказаться от этого намерения. Однажды ночью от флотилии отделился еще один корабль, подобно первому пропавший без вести. 3 января 1596 года Кирос достиг Разбойничьих островов (вскоре получивших название Марианских). Испанцы несколько раз высаживались на берег за съестными припасами, но туземцы, ни во что не ставя ни золото, ни серебро, соглашались брать в обмен только куски железа или железные орудия.
Описание Марианских островов, сделанное Киросом, содержит любопытные сведения о культе предков, который был распространен среди этих островитян. Приводим дословно отрывок из его отчета:
«Туземцы извлекают кости из тела умершего родственника, потом сжигают мясо и съедают пепел, запивая его пальмовым вином. Ежегодно, в течение целой недели, они оплакивают своих покойников, нанимая для этой цели специальных плакальщиц. Кроме плакальщиц оплакивать умершего собираются в его доме все соседи; они также, в свой черед, устраивают поминки по своим покойникам. Каждый туземец охотно принимает приглашение соседа на такое празднество, так как присутствующие всегда получают обильное угощение. Во время плача по умершему кто-нибудь из его семьи подробно повествует о жизни и подвигах покойника с первого дня его рождения и до самой смерти, восхваляя его силу, рост, красоту, словом все, что может послужить к его вящей славе. Если в рассказе встречается что-нибудь смешное, вся компания принимается безудержно хохотать, а потом, после очередной порции пальмового вина, смех внезапно переходит в горькие рыдания. На этих удивительных пиршествах нередко присутствует до двухсот человек».