В то время как крокодилы пугали жителей вод и суши, в воздухе царили их родственники птерозавры. Раннемеловые птеродактили Pterodactyloidea в целом не сильно отличались от юрских, хотя в среднем подросли. Некоторые обрели экзотические специализации. Один из рекордсменов по несуразности — ближайший родственник ктенохазмы
Глаз многих рептилий и птиц укреплён склеральными (или склеротикальными) кольцами — костяными пластинками, очень похожими на пластинки диафрагмы фотоаппарата. Кольца рептилий и птиц, активных в разное время суток, наглядно различаются. У ночных пластинки в кольце узкие, а внутреннее отверстие — большое, вмещающее большой хрусталик и позволяющее зрачку сильно расширяться. У дневных пластинки кольца широкие, а отверстие — маленькое. Судя по склеральным кольцам, птеродаустро был ночным существом, как, кстати, и его юрская родственница ктенохазма.
Многие особенности строения, поведения и даже физиологии птерозавров удаётся узнать благодаря единичным уникальным находкам. Например, в нижнемеловых отложениях Бразилии удалось найти летательную перепонку птерозавра, на которой можно проследить отдельные волокна ткани. Из нижнемеловых отложений Китая происходит яйцо птерозавра. Чаще же палеонтологам достаются небольшие фрагменты птерозавровых костей, ведь те были очень тонкими и лёгкими, а потому плохо сохранились.
В паре бирманских янтарей есть некие включения, которые, возможно, являются частями тел птерозавров, в том числе одна голова. На них виден некий шерсто-перьевидный покров. Однако они пока не опубликованы.
Продвинутые меловые птерозавры принадлежали всего к двум родственным группам — птеранодонтам и аждархоидам. Они начали увеличиваться в размерах и переходить с машущего полёта на парящий: одно дело — трепыхать маленькими крылышками, а совсем другое — величественно взмахивать плоскостями с крыло самолёта. Это вызвало заметные изменения строения. Передние туловищные позвонки связались сверху непарной накладной костью-нотариумом, которая образовала сустав с лопаткой; это позволило держать крылья распахнутыми постоянно с меньшим напряжением сил. Задние туловищные позвонки срослись друг с другом и первыми хвостовыми в единый крестец, так что всё тело окончательно потеряло гибкость. Понятно, для пущего облегчения веса некоторые элементы стали редуцироваться, например, в челюстях стало сокращаться число зубов — до полного исчезновения; в ноге пропала малоберцовая кость. Птерозавры становились способными летать всё дальше без посадки, в том числе над морскими водами. Кости позднемеловых птеранодонов часто обнаруживают в слоях с рыбами и мозазаврами, едва ли не в сотнях километров от тогдашних берегов.