Первые реконструкции стегозавров были весьма оригинальны. В первой версии Отниела Марша стегозавры предстали как двуногие существа, чьи спины были покрыты пластинами, подобными черепице, а шипы торчали по бокам головы, типа коровьих рогов. А. Тобин изобразил стегозавра тоже двуногим и длинношеим, с двумя рядами шипов на спине и одним рядом пластин на хвосте. Лишь с появлением более полных находок форма тела и расположение пластин и шипов стало понятным. Впрочем, периодическая двуногость стегозавров допускается и некоторыми современными исследователями, хотя известные отпечатки ног свидетельствуют о четвероногости.
Отдельные споры разгорелись вокруг положения дополнительных шипов на теле у некоторых стегозавров. На реконструкциях их помещали то на плечах, то на бёдрах. Проблема в том, что даже на самых целых найденных скелетах шипы лежат рядом с туловищем, но не вполне очевидно — скорее спереди или скорее сзади, а, поскольку крепились они к коже, на костях мест их присоединения не видно. Всё же большинство палеонтологов сходится на том, что эти шипы были плечевыми, направленными назад.
Конечно, особое внимание всегда привлекали спинные пластины. Они располагались на спине вертикально в два ряда, причём правые и левые пластины стояли в шахматном порядке. Пластины изборождены множеством глубоких ветвящихся канавок — следов кровеносных сосудов. Есть три главных соображения о назначении такого приспособления. Во-первых, укусить за спину через такую защиту сложно, хотя усиленное кровоснабжение обороне явно не способствует, проще обрасти панцирем. Во-вторых, насыщенные кровью пластины могли краснеть, что можно было использовать для общения. Кстати, зрение у стегозавров, судя по форме мозга, было вполне нормальным. С другой стороны, с мизерным мозгом стегозавров ещё вопрос — соображали ли они достаточно для мало-мальски сложного общения? А может, как раз огромные размеры раскрашенных сигнализаторов компенсировали недостатки мозговой деятельности? В-третьих, через пластины-радиаторы можно было в кратчайшие сроки нагреваться поутру или охлаждаться в жаркий полдень. Тут к месту и поочерёдное расположение пластин, подобно листовой мозаике у растений. Между прочим, самыми широкими пластинами владели более северные стегозавры из Северной Америки, тогда как у китайских и тем более африканских они были узкими, больше похожими на шипы. Для удержания пластин и шипов отростки спинных и хвостовых позвонков были очень длинными, иногда с утолщёнными кончиками.
Ещё одна знаменитая особенность стегозавров — чрезвычайно маленький головной мозг, обычно сравниваемый с орехом, но, будем справедливы, достигавший размера мелкой сливы. У собственно