Двухэтажные жилые постройки, стоящие преимущественно в линии монастырских стен, создавались с конца XVII по первое десятилетие XIX в. Благодаря серьезным переделкам древних зданий в 1780 —1800-х гг. все келейные корпуса приобрели единую, рекомендованную для монастырей “образцовую” планировку. В ее основе лежит секция с центральными сенями и двумя симметричными жилыми ячейками по сторонам, состоящими из двух келий с коридором вдоль задней стены. Столь же единообразна и внешняя, крайне скупая архитектура построек, лишенная каких-либо признаков стиля. Перекрытия в нижних этажах сводчатые, в верхних — балочные.
К 1680—1690-м гг. принадлежат в своей основе Настоятельский, Казначейский и Северный братский корпуса. Из них наиболее интересен Настоятельский корпус, имевший некогда деревянный верх с двумя светлицами и наружную лестницу с каменным крыльцом. О характере прежнего убранства корпуса свидетельствуют междуэтажный пояс и окно с пышным наличником в стиле московского барокко на северном фасаде. В нижних палатах остались красивые лотковые своды с распалубками.
Корпус келий в восточной линии ограды создан в 1810 г. на основе Красной башни монастыря и примыкавших к ней построек 1734 г. При переделке здания изменены его планировка, высота этажей, уровень перекрытий. Западный корпус у Спасской башни был выстроен одноэтажным во второй половине XVIII в., перепланирован и надстроен в 1799 г. Кельи в южной линии ограды на продолжении трапезного корпуса поставлены в 1809 г.
Кирпичные стены с башнями сооружались отдельными участками с начала XVII по первую половину XVIII в. Наиболее древняя западная стена со следами машикулей и боевых амбразур уже в XVII в. оказалась включенной в массив примкнувших к ней жилых и служебных корпусов. Долгое время свободным от застройки оставалось западное прясло северной стены, конца XVII в. Наделенное боевым ходом, машикулями и зубцами, оно носит крепостной характер. Этому пряслу современны проездная Спасская и две из трех граненых башен в западной стене. Начатые между 1685 и 1700 гг., последние закончены лишь в 1734 г. Все башни были трехъярусные со сводами. Их гладкие стены завершены машикулями и в верхнем ярусе нарядно обработаны аркатурой, колонками на углах, поясом ширинок. Внешний фасад Спасской башни дополнительно украшают оконные наличники с килевидным очельем. Венчает башню восьмигранный кирпичный шатер со смотрильней. Поставленный на сомкнутый свод нижней “палатки”, он первоначально был окружен открытой террасой. Граненые башни имели тесовое покрытие, на одной из них восстановленное в 1964—1965 гг. Угловая юго-западная башня конца XVIII в., в 1941 г. разрушенная снарядом, воссоздана в пределах нижнего яруса. Прочие стены и две миниатюрные, в два яруса угловые башенки построены в 1730—1734 гг. Лишенные фортификационного значения, они имеют формы обычной ограды. Стоявшая в восточном прясле проездная Красная башня с привратными помещениями, в 1810 г. частично разобранная, вошла в состав выстроенного здесь жилого корпуса.
Конный двор за стенами монастыря с кирпичной периметральной застройкой сохранил два двухэтажных корпуса первой половины XIX в., занятых в свое время жильем, мастерскими и службами. Один из корпусов, выстроенный в 1810 г., скупыми внешними формами и схемой планировки аналогичен другим современным ему жилым зданиям монастыря. Другой корпус, сооруженный между 1839 и 1845 гг., скромными мотивами ампирной обработки перекликается со зданием монастырской больницы.