Вопрос о руководстве партизанским движением обсуждался в Ставке и в августе 1941 г., но время шло, а практически ничего сделано не было. Лишь в конце декабря 1941 г. Сталин предложил автору этих строк в самом срочном порядке организовать Центральный штаб партизанского движения. Но в разгар работ по созданию штаба, когда уже была организована школа по подготовке радистов для партизан, привлечены сотрудники, разработано направление деятельности штаба, неожиданно было получено указание приостановить организацию штаба».
Как потом выяснилось, причиной этого указания была записка Берии о нецелесообразности создания такого штаба, так как, по его мнению, руководство движением он мог осуществить сам, без специального штаба. Лишь 30 мая 1942 г. вышло постановление ГКО о создании Центрального штаба. При обсуждении этого вопроса в ЦК партии новые предложения Берии, направленные на ограничение деятельности партизанских штабов как оперативных органов, действующих под руководством партии, были отвергнуты.
30 мая 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения, начальником которого был назначен П.К.Пономаренко.
Одновременно при военных советах фронтов были созданы Западный, Калининский, Брянский, Ленинградский, Карело-Финский штабы партизанского движения. 20 июня по постановлению ЦК КП(б) Украины был создан Украинский штаб партизанского движения (УШПД), начальником которого был утвержден бывший пограничник Т.А.Строкач.
Впоследствии были созданы штабы партизанского движения: Южный (Краснодарский) 3 августа 1942 г., Белорусский 9 сентября 1942 г., Эстонский 4 ноября 1942 г., Литовский 26 ноября 1942 г., Латвийский 8 января 1943 г., Крымский в июле 1943 г., Воронежский в октябре 1942 г. В Ставропольском крае действовал созданный крайкомом ВКП(б) 30 декабря 1942 г. Краевой штаб партизанского движения.
Создание единого военного и политического центра облегчало оперативное руководство деятельностью партизан и подпольщиков, координацию народной партизанской борьбы с действиями Красной Армии.
Для усиления руководства партизанской борьбой там, где не было обкомов, в октябре начали создаваться областные оперативные группы.
Создание штабов сыграло положительную роль в улучшении руководства и дальнейшем развитии партизанского движения. Они обобщали и распространяли накопленный опыт, разрабатывали планы крупных операций, готовили кадры специалистов для партизанских действий, организовывали снабжение партизан оружием, боеприпасами, средствами связи, медикаментами и т.д.
До осени 1942 г. руководство штабами партизанского движения осуществляли коллегии в составе начальника штаба и двух его членов. В Центральном, кроме П.К.Пономаренко, в состав коллегии входили В.Т.Сергиенко (НКВД) и Г.Ф.Корнеев (Разведуправление НКО). Аналогично (представитель партийных органов, НКВД, армейской разведки) строились руководящие органы подчиненных штабов.
В основной руководящий состав Центрального штаба входили партийные, советские и комсомольские работники, офицеры Красной Армии и пограничных войск, сотрудники органов безопасности и разведывательных органов. Многие из них имели опыт организации партизанского движения в первый год войны.
Решением ГКО начальники штабов партизанского движения и представители ЦШПД на фронтах были утверждены членами военных советов Ленинградского, Северо-Западного, Калининского, Западного, Брянского, Воронежского, Сталинградского, Северо-Кавказского, Юго-Западного и других фронтов. При военных советах армий также были созданы оперативные группы штабов партизанского движения.
Совершенно очевидно, что при организации партизанских действий в интересах регулярных войск невозможно обойтись без Центрального штаба – стратегического и оперативного органа руководства партизанскими силами. К органу, планирующему и координирующему партизанскую борьбу на территории, временно оккупированной противником, как показывает исследование, должны предъявляться особые требования. Наделенный функциями военно-стратегического руководства партизанской деятельностью, он должен дислоцироваться на территории, недосягаемой для противника, располагать средствами связи с подчиненными силами, широкими возможностями по обеспечению партизанских формирований кадрами, специальными вооружением и техникой, средствами их доставки и др.
Необходимо отметить некоторое несоответствие найденной организационно-штабной структуры ЦШПД характеру решаемых партизанами задач, особенностям оперативно-стратегического руководства партизанскими силами, обеспечению взаимодействия в работе партийных, военных, чекистских и партизанских органов.