Импровизированные органы руководства партизанскими силами, возникавшие на местах – объединенные штабы, оперативные центры, военные советы, штабы «кустов», штабы «секторов», – свидетельствовали о тенденции их приближения к военному руководству. Это, прежде всего, проявилось в формировании представительств и оперативных групп ШПД на фронтах и в армиях, в укомплектовании ПШ военными специалистами, согласовании планов партизанского руководства с командованием фронтов. В этом плане представительства и оперативные группы ШПД при военных советах фронтов и армий были оптимальными органами для организации взаимодействия партизанских сил с регулярными войсками.
Наряду с этим исследование убеждает в целесообразности формирования ШПД по административно-территориальному признаку, а не по фронтам. Полосы фронтов не совпадали с границами областей и республик. Было бы глубоко ошибочно общее руководство партизанскими действиями приспосабливать к полосам фронтовых объединений, не считаясь с территориальными формами партизанского руководства (такие попытки имели место). Это противоречило бы природе партизанского движения, являющегося, по сути, народным.
Необходимо помнить, что главной его силой были местные партизанские формирования, тяготеющие к определенным районам со своими особенностями. С другой стороны, значительных военных результатов в партизанской борьбе можно достичь лишь тогда, когда усилия отдельных партизанских формирований объединены общим замыслом и согласуются с задачами действующей армии. Это – функция штаба партизанских сил, а не штаба партизанского движения.
При общем понимании необходимости этой функции ЦШПД был сформирован лишь на 11-й месяц войны как «военно-оперативный орган партии». Партия брала на себя обеспечение «стратегического и тактического взаимодействия фронтов, войсковых соединений и партизан». ЦШПД просуществовал всего полтора года. 7 марта 1943 г. его упразднили, «как выполнивший свои задачи». Поскольку это решение явилось глубоко ошибочным, уже 17 апреля 1943 г. ЦШПД был восстановлен. Однако Украинский штаб партизанского движения с молдавским отделом отныне подчинялся непосредственно Ставке Верховного Главнокомандования.
Но и такой несовершенный орган управления, как ЦШПД, окончательно ликвидировали 13 января 1944 г., т.е. тогда, когда численность партизанских сил в тылу врага перевалила за 200 тысяч и когда партизанская война переносилась за границы СССР.
Оказанием помощи в развертывании партизанской войны в Польше, Чехословакии, Румынии и Венгрии занялся Украинский штаб партизанского движения.
Последовавшая, без учета ситуации на местах, ликвидация республиканских штабов партизанского движения, в частности Латвийского ШПД, нанесла большой вред партизанской войне. Например, до 9 мая 1945 г. в Курземе находилась 300-тысячная группа армий «Север», позднее переименованная в «Курлянд», окруженная советскими войсками. Многочисленные партизанские формирования в «Курляндском котле» сразу же лишились поставок вооружения и боеприпасов, что трудно оправдать при массовом дезертирстве из гитлеровской армии латвийских легионеров, уходивших в леса.
Для многих партизанских отрядов, лишившихся связи, снабжения оружием и боеприпасами, сложившаяся обстановка стала катастрофической и привела к большим потерям.
До последних дней существования главная школа партизанских кадров ОМСБОН – бригада, занимавшаяся подготовкой, формированием, экипировкой и переброской специальных разведывательно-диверсионных формирований за линию фронта – оставалась в подчинении НКВД. ГРУ имело свои школы и партизанские формирования в тылу противника. Созданные 17 августа 1942 г. в армии отдельные гвардейские батальоны минеров для действий на коммуникациях противника, а также Отдельная гвардейская бригада минеров при Ставке Верховного Главнокомандования «для минирования и разрушения коммуникаций в тылу противника» также ЦШПД не подчинялись.
6 сентября 1942 г. ГКО был учрежден пост Главнокомандующего партизанским движением, и назначенный на этот пост К.Е.Ворошилов вскоре фактически превратился в Главкома партизанскими силами. Будучи членом Политбюро ЦК ВКП(б) и членом ГКО, он мог координировать действия спецформирований НКВД и ГРУ, а также гвардейских минеров.
В этот период много внимания уделялось обеспечению партизан специальными средствами борьбы, подготовке кадров, военизации партизанских формирований, широкому вовлечению в них военнослужащих, оказавшихся на временно оккупированной территории, и, наконец, планированию действий партизанских сил, материально-техническому снабжению, авиационным перевозкам для партизан. Было налажено массовое производство необходимых для партизан мин, бесшумного оружия.